3、衛生監督人員工資、執法經費投入不足嚴重製約衛生監督機構的發展。
XX年，全市14個區縣衛生監督所總計得到財政撥款1150餘萬(其中衛生監督執法專項經費82.3萬元)，人均2.72萬，最高4.56萬(六合二所)，最低1.51萬(高淳縣所)。部分區縣衛生監督所監督人員基本工資政府都無法全部解決，其它如辦公經費、執法裝備、交通工具、執法專項經費更無多少資金投入，14個區縣衛生監督所的經費每家都有不足，全年共缺少經費775.5萬元。
衛生監督執法是代表政府的行政行為，必須體現公正性，其監督執法行為必須與其利益脫鉤。但沒有穩定收入來源的衛生監督機構，如果長時間不能解決經費問題，執法的趨利性就不可避免，它們首先必然考慮生存問題，不可能保證監督執法的公正和規範，十分不利於衛生監督機構的健康發展。同時由於經費的缺乏，執法裝備、交通工具、現場取證工具等都嚴重落後和不足，限制了衛生監督工作的有效開展，而職工各項福利待遇不能得到有效落實，也難以調動衛生監督人員的工作積極性。
4、衛生監督人員的進出口不暢，限制了衛生監督隊伍整體素質的提高。
儘管衛生監督機構目前存在種種困難和不足，但它仍是全民事業性質、應當全額財政撥款的單位，同時具有行政監督執法權，仍是許多求職者嚮往的工作單位。由於事業單位的人事制度改革尚未全面開展，監督機構本身沒有人事權，存在著不適應衛生監督工作的人員不能有效分流，想要的專業對口、素質高的人才不能及時引進，而通過各種關係進入的人員不一定適應衛生監督工作的要求，這種現象的存在嚴重限制了衛生監督隊伍整體素質的提高。
5、衛生監督和衛生技術服務的範圍界定不清，導致衛生監督機構與疾病預防控制機構的工作職責難以明確。衛生監督與衛生技術服務相互聯繫、相互依存，因此兩者的分工與協作對於理順衛生監督體制具有重要意義，而在實際工作中各區縣普遍存在衛生監督所在工作中與疾控機構協調配合不夠的問題，其中健康證的辦理、檢測報告、監督監測、各種報表的上報等矛盾突出，影響了衛生監督工作的正常開展。
6、衛生監督的網路不健全。
衛生監督體制的改革，原來曾為城鄉衛生監督工作發揮重要作用的鄉、鎮一級的防保機構的業務關係、經費來源和人員編制沒有重新理順和落實，使這些防保機構逐漸萎縮，而郊區、縣的衛生監督所人員本身就不足，加之轄地遼闊、點散、量大，對鄉鎮的衛生監督難以到位，使許多鄉鎮存在衛生監督的空白點。
三、加強全市區縣衛生監督隊伍建設的對策和建議
建設一支作風正、業務精、紀律嚴的行政執法隊伍，是搞好衛生監督執法工作的基礎。必須致力於解決執法人員素質不高，執法者不懂法等問題，努力推進衛生監督人員由提高法律意識向提高法律素質轉變，努力推進衛生監督管理工作由注重監督頻次向注重監督質量轉變，不斷提高依法行政水平。
1、各區縣衛生監督機構要嚴格內部管理，建立健全各項工作規章制度、工作程式及依法行政制度(包括行政處罰複議制度;重大處罰案件備案制度;罰繳分離制度;投訴舉報查處制度;行政執法責任制;錯案追究制度等)。進一步明確各職能科室的責任分工，制定具體目標，各項責任落實到人，嚴格執行，定期檢查，並與科室和個人效益掛鈎。保證機構內部的協調、高效運轉。