（二）物流企業成本上升壓力加大，物流業的稅賦不甚合理。一是物流企業運營成本加大。隨著人力、土地、燃料等成本不斷升高，影響物流企業運營的各要素價格呈上升態勢，加上市場競爭加劇，物流服務效益難以提升，物流企業的利潤空間進一步縮小。據調查，運輸型物流企業2011年燃料成本和過路過橋費約占總費用的30-40%，到2011年第一季度已經上升占到了55-65％，其中燃料成本占40%左右（運輸營業稅與新增加的燃油稅重疊），過路過橋費占20%左右；另外，有些運輸企業營業稅還要附征2.5%所得稅，企業無論是否有利潤，都要預征，並且存在只征不返的情況。一些物流企業在高成本、低收益、微利潤狀態下運行，缺乏發展後勁。二是物流業稅收管理、稅賦不甚合理。首先，目前從國家到地方政策均沒有一個統一的物流稅目，現行的營業稅將物流業務劃分為運輸（包括運輸、裝卸、搬運）與服務（包括倉儲、代理等）兩大類。前者營業稅稅率為3％，後者為5％。在實際經營中，綜合型物流企業各項業務上下關聯，互相重疊，很難區分運輸與服務收入，稅務機關按照就高不就低的原則進行徵收。其次，存在重複納稅現象。如，物流園區出租倉庫，既要按照租金收入繳納5%的營業稅，還要繳納12%的房產稅，合計17%，除此之外還要繳納土地使用稅等，稅收約占收入的25％，過高和不甚合理的稅負嚴重製約了物流園區和物流企業的發展。第三，製造企業因剝離非核心物流業務造成稅負增加部分，同級財政等額予以扶持補助的政策得不到落實，主輔剝離積極性受影響。據有些製造企業反映，物流業從製造業中剝離，雖然增加了地方稅收，培植了地方財源，但就企業而然，各項稅收費用統算，剝離後比剝離前要高出10-20%。如果沒有較強的政策支持和引導，物流業務從主業中剝離的積極性受到影響，物流市場得不到更有效釋放。第四，地方稅源流失嚴重。有些運輸企業和物流公司由於沒有稅務發票的開票資質，開據發票困難，有關政策尚未配套、落實不到位，便選擇政策優惠的省份代開發票和註冊公司，造成地方稅源流失。
（三）物流標準有待於規範和完善。一是物流主體標準不規範。物流市場主體龐雜，物流企業集中度不高，競爭秩序不規範等問題比較嚴重，誠信體系建設有待於加強。物流企業專業化和精細化與供應鏈的一體化配套的服務水平不高，突出表現在小、散、亂，形不成規範化經營和規模化發展，急待用統一的標準進行規範整合。二是物流技術標準不規範，各種運輸方式之間不能有效銜接，物流信息尚未達到共享共用，造成物流企業間以及物流企業與製造企業間的信息不對稱。
（四）物流園區建設規範性較差、相關服務功能偏低。物流園區的建設缺乏統一的規劃與管理。有些市、縣物流園區建設與區域經濟發展不匹配，綜合性的園區建設較多，具有行業和地方特色的專業化園區相對較少，園區的服務功能低，定位不明確。調研發現，近幾年一些地市，在規劃建設物流園區時，不顧經濟發展現狀、產業物流規模，不考慮與當地產業集群和產業特色的結合，為建園區而建園區，簡單的認為貿易市場就是物流綜合園區，盲目跟風建設，結果是一方面物流企業的發展需要相適應的土地不能滿足，另一方面由於設計規劃的不盡合理，造成園區土地的浪費。如何防止重複建設和土地資源浪費，合理規劃、整合物流園區的建設，不斷完善物流園區功能，是當前面臨的實際問題。