4、資金缺乏影響種畜禽監督管理工作開展，由於種畜禽監管工作經費緊張而影響種畜禽監督管理工作開展，例如：辦理種畜禽生產經營許可證、現場勘驗、開展種畜禽場疫病監測等工作，一個種豬場搞一次疫病監測，每一頭豬需要費用如下：豬瘟35元、口蹄疫25元、藍耳病10元、豬偽狂犬病10元、圓環病毒2型10元、布氏桿菌病2元、合計102元/頭，防控服費用：30元/人，如果距離較遠，則需交通費用：150元/天、其他費用：50元/天，一個種雞場搞一次疫病監測需要費用 600--800 元，3—6元/只雞，種畜禽監督管理站對開展此項工作十分困難。
二、良種繁育體系建設的基本思路
1、加強種畜禽基礎設施建設，建立現代畜禽良種繁育體系
建立符合我國畜牧業生產實際的良種繁育體系，各級政府應不斷增加對良種繁育體系建設的投入，利用國家在未來幾年裡向畜禽良種繁育體系建設實行傾斜政策，強化種畜禽生產的基礎設施建設，提高優良品種的供種能力，加大優良品種的引進力度，加強種畜禽培育、擴繁、推廣、利用及監督管理等方面的工作。從對現有基礎的整頓、完善、提高入手，建立起一套監督管理有效的科學、實用的種畜禽良種繁育體系，為不斷提高我國畜牧業綜合生產能力創造必要的條件。
2、 摸清底數，建立層次分明“原種場－擴繁場－商品場”繁育結構
按照《遼寧省種畜禽生產經營管理辦法》的要求，對達到一定飼養規模的種畜禽企業辦理種畜禽生產經營許可證，各級種畜禽監督管理部門利用辦證的奇契機，加強對種畜禽企業實行動態管理，掌握種畜禽企業存欄及變化情況，實行外引種畜禽申報制度，了解不同品種的種畜禽數量、結構、分布以及供種能力等情況。在品種引進、培育、改良及良種體系的規劃、布局、建設等項工作中提供依據，指導畜牧業生產。
3、強化質量監督，規範種畜禽生產、經營行為
首先，建立公正、權威的種畜禽質量檢驗和監督管理體系，促進種畜禽質量的不斷提高是今後良繁體系的重要建設內容之一。質量監督和檢驗體系包括兩個層次，一是種畜禽監度管理機構建設，二是鼓勵有條件的種畜禽生產企業，建立自己的測定體系，提高品質，使出場的種禽達到品種標準。其次、建立完善的分級管理、審批、發證制度，實行兩級申報、三級辦證制度，建立層次分明的“原種場－擴繁場－商品場”的繁育結構，形成寶塔式種畜禽生產鏈。原種場或對全國畜牧業生產有較大影響的種畜禽場的建立，由國家統一規劃，統一布局，協調建設。擴繁場由地方畜牧行政主管部門審批，並報上一級種畜禽監督管理部門備案，建立資金項目庫制度。嚴格種畜禽生產、經營許可證制度。對名不符實的種畜禽場要予以取締，以此規範種畜禽生產、經營行為和方向，確保種畜禽生產、經營有序進行。
4、加強管理，依法治種，促進良種體系建設工作的健康發展
建立依法管理的良好環境，樹立依法治種觀念，加大國家頒發的《畜牧法》《種畜禽管理條例》、《種畜禽管理條例實施細則》《遼寧省種畜禽生產經營管理辦法》和錦州市《種畜禽生產經營許可證管理辦法》等法律法規的執行力度，規範種畜禽生產、經營活動，搞好種畜禽質量監測工作，打擊種畜禽生產經營中的違法行為，體現畜牧法的可操作性和法律性，搞好種畜禽專項治理工作和種畜禽疫病監測工作。