2、政府機構中專業融資保障機構的缺位
一是政府各部門中小企業發展機構設定上的重疊。我國現行政治體制的設定對中小企業融資促進保障程度有限，國家發展改革委員會下屬的中小企業司是指導中小企業發展的專業政府機構，而農村鄉鎮企業的領導又由農業部鄉鎮企業局負責，這種根據農村和城市的二元性質來分別設立中小企業的領導、規劃工作會因為部門分割和行政職能的塊狀劃分而降低中小企業融資促進工作的整體一致性與協同性。
二是中小企業發展機構的低級別限制了支持力度。在世界範圍內，中小企業是經濟成長的重要推動力量，但由於其自身規模和獲取資本支持能力等限制，各國中央政府都設立專門機構和部門通過政策指定和引導，由政策性融資機構來支持中小企業的融資。美國為了解決中小企業的融資問題，設立了以中小企業管理局（sba）為核心、中小企業投資公司和民間風險投資公司為兩翼的完整融資保障體系。為中小企業提供權益資本、債務資本、融資擔保等一整套融資服務。政府在中小企業融資中應發揮重要作用。
（二）多元化融資渠道設計的缺失
1、商業銀行債務融資的供給不足
一是政府的固定利率政策。中小企業資本規模小，盈利狀況具有一定的不穩定性，抗風險能力比較低，破產機率較高。根據風險收益匹配原理，商業銀行等金融機構在發放貸款時，相對正常狀況時的貸款，應該上浮一定的利率，以實現風險補償，由商業銀行和中小企業根據企業狀況和市場利率水平協商確定貸款利率的市場行為可以在兩者之間實現均衡。我國金融環境的相對不成熟，政府對金融市場實現高度管制，利率政策和水平由政府部門（中國人民銀行）確定，中小企業和商業銀行協商的空間非常小，如此，政府利率和市場利率等同的機率很小，市場利率下中小企業融資需求和商業銀行願意提供的水平相等自然很少出現。商業銀行多數情況下不能在政府利率水平下實現風險補償，所以，選擇不發放貸款自然是其理性選擇，中小企業債務融資供給不足的矛盾便凸現出來。
二是政策性歧視。中小企業促進法規定中小企業是市場經濟的重要組成部分，但實務中商業銀行在針對中小企業的貸款中“公”、“私”的觀念影響仍然存在，大型國有企業是服務的重點，中小企業具有一個顯著特點，就是股東多為個人，性質絕大多數為非公有制經濟。商業銀行的國有經濟定位與中小企業的這種私有背景的這種觀念衝突，使得非國有中小企業很難獲得商業銀行的貸款，造成的局面是大量的國有企業貸款沒法回收，形成呆賬、企業舉債無門，白白錯失發展良機。這種所有制歧視是傳統計畫經濟體制下國有意識的殘留，反映了政策改革不力，金融行業體制改革亟待深化。商業銀行的運營以客戶所有制背景為導向不僅限制了中小企業融資的拓展，也影響了商業銀行自身的效率。
三是商業銀行的“大企業”戰略。我國商業銀行的經營思路中普遍存在一個誤區就是商業銀行的“大而全”的經營理念，商業銀行以大客戶為導向，對國家、地區大型國有企業和上市公司存貸款業務的爭奪激烈，普遍忽視中小企業金融業務的開發。由於大企業和大公司本身資產雄厚，經營穩定，融資渠道多元化，所以，商業銀行的存貸款業務對其而言重要性和緊迫性遠不像中小企業那樣突出。另外一些資本實力強，盈利能力突出的地區商業銀行紛紛選擇區域擴張作為自己的發展戰略，這種跨地區的市場擴張不僅放大銀行自身的經營風險，同時也失去了拓展本地中小企業金融服務的良好機會。對中小企業而言，則意味著資本供給不足。商業銀行這種不顧自身資本實力和競爭優勢的“求大求全”的經營思路使本來求貸無門的中小企業融資形勢變得更為嚴峻。