2、資本市場結構層次單一限制
一是主機板市場的融資門檻過高。由於我國資本市場的建設時期較短，監管水平相對低下，資本市場目前只有主機板市場，通過資本市場籌集資金在公司規模、冶理結構和盈利記錄方面設定了非常高的門檻。如：按照目前我國主機板市場的上市標準,企業發起人認購的股本數額不少於3000萬元,股票發行後公司股本總額不低於5000萬元。這些規定在保證上市公司質量方面發揮了一定積極作用，卻也將大量的中小企業擋在資本市場之外，中小企業的權益資本來源中所有者投入比例占多數。其次為中小企業留存收益，但這兩種渠道下的供給非常有限，提高中小企業股權資本比例應求助於外部資本市場，歐美國家紛紛建立面向中小企業的創業板市場和場外交易市場，以拓展中小企業融資渠道。
二是創業板市場和場外交易市場的長期缺位。我國長期以來資本市場結構單一，創業板和場外交易市場推進的進程緩慢，阻礙了中小企業風險投資制度、股票發行等外部股權融資方式的發展。在國外，創業板市場被視為中小企業特別是高新技術企業的孵化器，但在我國，由於資本市場法制建設的滯後和主機板市場的產權改革問題，創業板的推出一再延後。中小企業板儘管在一定程度上開闢了新的融資渠道，解決了部分中小企業的股權融資問題，但由於中小企業板塊中的上市企業是嚴格按照主機板的上市條件來審核以控制市場風險，所以說它還只是主機板的一個板塊,不是獨立的市場,它離真正的創業板還有相當距離,只是在創業板穩步推進過程中打造的一個形式上的外殼而已。
三是三板市場的建設停滯。被稱為“三板市場”的券商股份轉讓代辦系統長期因為處理主機板上市公司的退市交易問題而產生，退市上市公司本身基本資產質量比較差，所以該系統面臨著成為主機板市場“垃圾桶”的尷尬地位。除了股份轉讓代辦系統交易公司自身質地差之外，該市場的參與交易的公司數量少，投資者參與規模有限，整個市場在職能承擔、交易機制、市場培育和主機板銜接方面也一直缺少規範和支持，儼然已成為資本市場的雞肋。我國目前最有潛力發展成為未來三板市場的區域性產權交易所自推出至今仍發展緩慢，這類產權交易結構主要是為了解決國有企業改革中的產權流轉問題而產生。如今，國有企業改革已基本完成，或重組、或破產、或出售，在此背景下，地方產權交易所的職能也日趨邊緣化，僅成為部分國有企業或國有上市公司產權轉讓的公告牌。若不結合我國資本市場職能分工和合作，該類交易所的區域性特徵和封閉性特徵將使其進一步孤立、萎縮。
3、政策性融資機構的缺位
中小企業由於經營風險大，融資成本高，所以商業銀行一般不願意向其發放貸款，所以，政府在中小企業的外部融資中應發揮更積極主動的作用。設立政策性金融機構參與中小企業融資業務是歐美國家的成熟做法，這些服務於中小企業的金融機構通常由財政出資，或聯合社會資本，以融資促進為經營目標。
我國目前尚無專門的中小企業融資服務機構，國家發改委中小企業司只是政府職能部門，而壟斷信貸市場的商業銀行是以利潤為導向，高風險、低收益的中小企業貸款自然不會成為發展對象。我國目前三家政策性金融機構也未將中小企業列為服務對象，農業發展銀行以涉農信貸為導向，進出口銀行以大宗國際進出口貿易信貸為主營業務，國家開發銀行以大型項目建設為工作重點，中小企業的金融服務被邊緣化。專業的中小企業政策性金融機構的缺位，使中小企業在市場化融資領域的渠道選擇上陷入被動地位。