按照《國務院關於加強地質工作的決定》的要求，國家設立地勘基金是為了通過加強重要礦產的前期勘查投入，降低勘查風險，引導和拉動商業性礦產勘查。地勘基金不以營利為目的，與社會資本是相互銜接、風險共擔的。但目前個別省區地方政府有將地勘基金作為政府對勘查市場壟斷工具的傾向，形成了對商業性礦產勘查的“擠出”效應，這與設立勘查基金的初衷相違背。因此，實現地勘基金的健康發展，需要地方政府和相關管理部門對地勘基金的作用有統一的認識。
項目監管需要進一步加強
隨著國家財政和社會資本投入地質勘查資金的增加，地勘單位對項目合作的選擇機會越來越多，項目多人手少已成為現實情況。由此形成的一個突出的問題是盲目追求勘查速度、簡單應付工作量、忽視找礦效果，一些地勘單位甚至存在偷工減料、數據資料造假等情況。加強勘查質量監管既是確保國家財政資金能夠有效投入的根本要求，也是實現地勘基金滾動發展的客觀需要。當前，由於缺少獨立的社會中介監理機構，地勘單位誠信管理體系也尚未形成，如何建立有效的監管體系是擺在地勘基金面前的一個共同難題。
缺乏切實可行的激勵機制
《國務院關於加強地質工作的決定》明確提出，建立知識、技術、管理等要素按貢獻參與勘查開採 項目收益分配的新機制。儘管當前一些省區探索提出在礦權出讓收益中劃定一定比例的獎勵資金，但由於現行的礦業權價款管理政策中沒有考慮地勘單位智力投入部分，在當前財政投資礦業權 價款繳庫體系中難以兌現，因此，缺乏切實可行的操作辦法。礦產勘查成果收益沒有考慮地勘單位的智力投入，並且權益分配不明確，直接影響到礦權持有主體的申報積極性和勘查單位的找礦積極性，不利於激發地勘單位和地質工作者通過技術投入實現找礦突破的主觀能動性。
實施整裝勘查面臨著礦權協調難題
當前實現找礦突破的一個重要方式就是實施整裝勘查，這也是地勘基金能夠充分發揮資金投入優勢的一個重要渠道。但在現實中，由於探礦權退出機制還不夠完善，很多重點成礦區帶“礦權密布”，同一成礦區帶不同勘查投資主體“畫地為牢”、“圈而不探”和“化整為零”的現象普遍存在。如何協調各投資主體關係，實現地勘基金項目有效落地，是目前地勘基金面臨的一個重要問題。
項目預算標準有待與市場接軌
地勘基金項目承擔主體是多元化的，既有事業單位又有公司企業，不同於公益性地質調查項目的事業性承擔主體，但目前地勘基金項目預算標準都是按照《國土資源調查預算標準（地質調查部分）》執行的。該預算既沒有考慮公司企業所需的生產設備折舊、工資補貼等必要內容，也沒有考慮物價變化因素，同時還缺少對實際工作中必須發生的用地與青苗補償等內容，在執行中標準明顯偏低。因此，當前需要儘快制定適用於地勘基金實際的預算標準，使之與市場充分接軌。
加強中央地勘基金與省級地勘基金協調發展的構想
進一步明確地勘基金的定位
明確地勘基金的定位是規範基金運作、發揮基金作用的重要保障。地勘基金作為礦產資源巨觀管理的政策工具和調控手段，其核心任務就是按照國家巨觀經濟政策，緊密結合經濟社會發展需要，通過加強重要礦產的前期勘查投入，降低勘查風險，有效銜接公益性地質工作成果，引導和拉動商業性礦產勘查，全力促進地質找礦重大突破。地勘基金著力體現國家意志，堅持公開、公平、公正以及開放式運作的原則，鼓勵社會資本參與項目合作；除國家統一部署項目外，對於社會資本願意獨立承擔風險的勘查項目，地勘基金不再參與投資，避免對社會資本產生擠出效應。
明確兩級地勘基金的投資重點
按照各有側重的原則，中央地勘基金重點支持國家確定的重點成礦區帶的煤、鈾、鐵、銅、鋁、鉛、鋅、金等重點礦種前期勘查和開展跨省資源分布區的礦產勘查，適當兼顧國家急需的其他重要礦產。工作程度原則上做到普查，需要進行井田劃分的煤炭勘查可以做到詳查。