4、執法力度不夠。水行政執法作為行政執法，其手段不可能像法務部門那樣過硬，由於部門協作不夠造成執行難的情況時有發生。對一些亂建、亂倒、亂挖，甚至破壞水利工程設施的現象沒有權力採取現場強制處理措施，申請法院強制執行，又拖延了時間，影響了處理效果。同時，行政干預、執法人員本身素質不高等因素也在一定程度上削弱了執法力度。
5、水行政執法中調查取證難。在水事違法案件中，有很多案件無法在實施過程中監察到。由於《水法》及水法規沒有可行的強制性措施，一些管理相對人採取避而不見或不予理睬的態度拒不配合，更有甚者，態度蠻橫，謾罵打擊、圍攻水政執法人員，一些旁證害怕報復，不敢作證，給水政執法人員調查取證帶來相當大的困難，影響了水事案件的查處。
6、缺乏良好的外部執法環境。流域水政隊伍沒有建立與地方政府、公安、檢察院、法院、相關政府主管部門的聯繫機制，信息資源缺乏共享，執法力量薄弱，在流域利益與地方利益發生衝突時，難以及時有效地執法，難以保證流域的合法權益。
三 、建議和對策
1、水法規的宣傳要與實際工作相結合，提高宣傳效果。多年的實踐證明，搞好水法宣傳，創造良好的法制氛圍，是貫徹、執行好水法規的重要前提和保證。水法宣傳要有組織、有計畫，每年初即制訂出本年度的“水利普法”規劃和季度、月度實施計畫，同時不斷改革和創新宣傳方式、方法。要在掛條幅、撒傳單、廣播等形式的基礎上，適時、靈活地採用知識競賽、民眾訪談、電視講座、報紙報導、網路宣傳等多種宣傳形式。要建立宣傳長效機制，堅決打破“宣傳一陣風、過後沒人管”的工作作風，克服“差不多”的思想和“突擊一下”的做法，堅持常年不懈地宣傳、講解。要突出重點，對重點水利工程、交通要道及繁華地段，樹立永久性水法規宣傳廣告和標語；對一些主要相關、領導和人員，要側重宣傳，強化措施。要由過去的抽象宣傳改為典型案例，注重以案說法，對待關係複雜、有影響力的案件，要在熱情服務的基礎上，對當事人所犯條例、條款詳加解釋，幫助其認識錯誤，解決問題；對影響較大的案件，還可以利用報紙、電台、網路等新聞媒體進行曝光，擴大影響面和宣傳面。
2、加強水政執法隊伍建設，提高綜合素質。水政監察隊伍是貫徹落實水行政法律法規的基礎，建設一支“政治合格、業務精通、作風過硬、紀律嚴明”的水政執法隊伍是開展好水政執法工作的前提。各級水行政執法機構要重視水政執法人員後備人才的選拔和培訓養，把政策和文化水平高、並具有一定專業知識和法律知識的充實到水政執法隊伍，絕不能讓水政執法隊伍成為安排閒雜人員的場所。
要加強崗位培訓和日常的業務學習培訓，有計畫、有目的地對水政監察人員進行法律知識培訓和教育，提高執法其辦案能力和駕駛複雜局勢的能力。
要加強對水政監察人員的日常治理和考核。建立健全目標責任制、崗位責任制、水政執法責任制、錯案追究責任制，完善執法巡查制度、執法統計制度、文書檔案管理制度、裝備使用管理制度、學習培訓制度、檢查監督制度等。要建立健全激勵、約束機制，依據《水政監察工作章程》，制定工作守則和崗位職責說明書，使執法管理目標明確到崗、到人。嚴格考核，實行工效掛鈎，把平時考核結果作為年終考評定格和獎勵的主要依據。