長期以來，我國農村信用社的管理體制是相當鬆散的，基層信用社都是獨立法人，擁有獨立經營權，上級信用聯社很難進行有效管理。單個信用社由於規模小，抗風險能力弱，有些信用社對單戶企業的貸款比重很高，處於高風險狀態。因此，深化體制改革的第一步就是要加強信用聯社的權力，要在人事、財務、決策、監督等各個環節實現對基層信用社的規範管理；在業務上要充分發揮農信社貼近農民、熟悉農業、紮根農村的優勢，大力拓展小額農戶貸款市場，積極支持農村經濟結構調整，規範貸款程式。只有在制度上建立起有效的制衡機制，才能減少決策失誤，杜絕暗箱操作，從而將新增貸款的風險控制在最低水平。各級農信聯社應該發揮主導作用，在科學分析屬地經濟狀況的前提下，制定切實有效的措施，通過與政府聯動，並強化呆賬核銷機制、司法催收機制、貸款重組機制、抵債物資綜合經營機制等，對不良貸款進行集中處理，形成有效的化解機制。
二、不良貸款的解決辦法：
當前，農信系統亟須從以下三個層面來實現風險化解機制的再造：
（一）、在政策層面上，要與各級政府聯動，確立“共擔風險，共同發展”的理念。
農信社的不良貸款涉及地方經濟的方方面面，千頭萬緒，因此要順利推進不良貸款的化解，離不開各級政府，尤其是區縣、鄉鎮政府的參與和配合。各級政府的支持，既體現了對歷史的尊重，也有利於在地方政府、地方經濟和農村信用社之間形成良性互動。因此，各級政府應首先本著實事求是地解決歷史問題的態度，規範自身行為，防止逃廢債務。對於因政府行政指令、經濟政策形成的不良貸款，政府應該直接承擔起還款責任，或者通過地方財政，或者採取其它有效的政策切實加以落實。對於企業改制後原在鎮村管理部門的債務、區縣物資局、供銷社及其下屬企業的不良貸款，尤其是其中金額巨大的不良貸款，政府應該發揮主導作用，通盤考慮，根據具體情況採取多種辦法逐步加以解決。對於企業逃廢債務的行為，政府應當通過行政力量堅決予以制止。同時，各級政府應該尊重客觀經濟規律，不要再用行政手段來干預農信社的正常經營活動和信貸資金投向。
其次，各級政府應充分調動各種資源，通過多種途徑來支持和保護農信社的債權。比如，由於農信社風險資產對應的單位大多是鄉鎮、村兩級農村經濟組織，這些企業關的關、破的破，土地是他們手裡唯一的資源。鄉鎮政府應支持企業以其所有的已經開發利用的集體土地使用權或對應投資收益來抵償債務；同時，政府也可以作為保證人，劃定某一範圍的土地，約定在該土地開發時，將土地開發收益權的全部或部分直接用於清償債務。
第三，各級政府應通過稅收政策，增加農信社的收入。比如，減免農信社的營業稅或根據貸款分類選擇性地減免營業稅；所得稅以縣(市)聯社為單位統一核算繳納，並在一定時間內全部或部分減免；信用社當年實現的利潤可在稅前直接抵補掛賬虧損。
第四，各級政府應建立適當的擔保機制，以抗衡自然災害的影響。以區縣為單位，由政府牽頭設立農戶貸款擔保基金。一旦發生自然災害等不可抗力，使農戶的生產經營遭受破壞，無法償還債務時，由擔保基金承擔貸款的全部或部分本金，由農信社負責剩餘本金和全部利息的核銷。