（二）、在操作層面上，要加強制度建設，加大化解不良貸款的力度。
首先，要強化信貸管理，既要注重化解過去的風險，更要防止現在和未來的失誤。我國農村信用社的貸款許可權遠遠高於商業銀行的基層分支機構，而內控水平卻相對落後，這就形成了權力與控制的不對稱。因此，農信社必須加強貸款的制度建設，主要包括：對基層信用分社實行授權授信制度，一定金額以上的貸款必須經上級信用聯社審查；建立與完善包括貸審會制度在內的一整套貸款調查、審查和批准的工作程式；在條件許可的情況下實行貸款公示制度。
其次，要加強會計、稽核工作，完善內部控制機制。要從根本上防範金融風險，必須建立有效的內部會計控制與監督體系，這包括三個環節：一是事前規範，即針對具體業務設計、制定合理的操作流程與會計制度；二是事中控制，即以會計核算系統為依託，對業務的關鍵控制點和重要事項進行實時監控；三是事後檢查，即通過現場檢查與非現場檢查相結合，對各項制度的執行情況、業務的真實性、會計核算的準確性以及風險控制點進行檢查、監督。
第三，要落實清收不良貸款責任制。農信事業要發展，關鍵在人；化解不良資產，第一位的因素也是人。農信系統的各級經營管理者要教育員工正確面對困難，既不要埋怨，也不要畏懼，同時採用一些制度性的運作，激勵員工通過扎紮實實的工作攻克難關。比如，有些地方的農信社實施“3+1”工程，即將每一筆不良貸款“確立一個項目，落實一位清收責任人，制定一套清收方案，再加一名分管領導”，限時完成並結合清收結果進行考核獎懲。這種工作模式將責任、權利和利益統一到清收責任人，極大地提高了員工的主觀能動性，實現了“不良資產要我清收”到“我要清收不良資產”的轉變。
第四，要善於藉助中介機構的力量。當今社會是一個高度信息化的社會，也是一個分工細化且日益專業化的社會，單槍匹馬是很難取勝的，農信社必須學會依靠社會中介力量來解決自己的困難。比如，有些地方的農信社與律師事務所合作，實施“風險代理制”，利用律師的專業化服務，加快鎖定風險和清收不良貸款的速度，化解了一些原本回收無望的風險資產，取得了很大收穫。需要強調的是，實施風險代理，必須建立嚴格的立項、審查、運作程式，特別注意防止發生道德風險。
（三）、從長遠考慮，農村信用社必須有條件地進行“撥備”，根據資產風險程度提取不同比例的風險準備金。在核銷層面上，要有條件地允許農村信用社實行“撥備”制度目前，農信社執行的是按照貸款全額的相對比例提取呆賬準備金的政策，呆賬準備率根據各地農信社的實際經營狀況有所差異，大致在1—2%之間。而實際上，無論從不良貸款的絕對數還是從其構成來看，現行的準備率根本不足以防範潛在的金融風險。比如，經營狀況相對良好的農信社，在保證微利的前提下，可以對呆賬貸款提取100%的準備金，對呆滯貸款提取50%的準備金，對逾期貸款提取20%的準備金，對正常貸款提取1%的準備金。這樣，可以使農村信用社依靠自身的經營活動和政府各項扶持政策的逐步到位，在儘可能短的時間內減輕歷史包袱，輕裝上陣，積極參與市場競爭。濟情況、主要從事的經營活動等內容記錄在內。