從污水處理的角度看，也存在諸多難題：一是全國仍有1/4的設市城市和近80%的縣城尚未建成污水處理設施。二是已經投入運營的污水處理廠由於污水處理費徵收不到位，不足以維護其正常運轉，或因收集污水的管網不配套，不能正常發揮其作用。如新近投入運營的80座污水處理廠負荷不足設計能力的30%。其中主要原因是收集污水的管網不配套。三是污水處理廠即便正常運轉，也很難做到達標排放。有12.5%的城鎮污水處理廠進水化學需氧量平均濃度低於150mg/l，不能充分削減污染物。有些污水處理廠則由於直接接入了工業廢水管網，使污水處理很難做到達標排放。
針對我國水資源短缺和水污染嚴重的實際情況，提出以下水管理體制和水價改革的政策建議：
其一，準確劃分政府和市場的責任。供水、排水、污水處理所有基礎設施應由政府無償投入，包括新水源的開發、引水渠的建設、水資源的生態保護、補償等。其所需資金應來源於水資源費和供排水、污水處理企業所繳納的稅金和城市公用事業附加。中央政府負責全國水資源調配規劃，跨省水利工程建設；地方政府負責本行政區域內水源的保護開發和污水處理達標排放等。從長遠看，應將水資源費改成水資源稅，納入年度預算，專款專用。居民和社會相應承擔供水管網和污水處理日常運行維護費用。
其二，改革現行水管理體制和運行機制。供水、污水處理通過招標選擇經營企業，政府制定相應的監管規則和服務質量標準體系，選擇符合要求的中、外企業經營供水和污水處理。經營供水和污水處理的企業的投資回報率採取按高於社會資金平均投資回報率2-3個百分點核定。水價按此原則制定，水價不足以彌補投資約定由政府退稅或財政補貼。這樣，一方面可抑制價格不合理上漲，另一方面可減輕社會負擔。
其三，加快實施分類水價、超定額用水累進加價和階梯式水價政策。按“公平負擔，促進節約”原則合理制定分類水價。可分為農業用水、城市居民用水、非居民用水和特種行業用水四大類水價。核定城市居民人均基本生活用水基數，基數內低價，基數內低收入群體消費免費，實行累進制階梯水價。非居民用水可合併工商業用水和城市園林綠化用水，實行較高價格，同時制定合理的中水價格（與自來水比價要合理），鼓勵工業和城市用水使用中水；非居民用水實行核定用水定額，實行超定額用水累進加價制度。城市特種行業用水，如洗浴、洗車等，要實行限制性高價，如北京市制定的洗浴業用水每噸66元等。
其四，足額在水價內徵收污水處理費。以污水處理費占供水終端價格50%為目標，逐步調高污水處理費標準。逐步實行所有污水均經處理達標排放。在將來，污水處理制度要推廣到農村地區。農村凡是實行集中供水的村莊，均應相應建設污水處理設施。特別是規模化養殖企業要考慮優先建設污水處理設施。
其五，推行下游地區向上游地區補貼污水處理資金的階梯式污水收費政策。由於水污染具有外部性，上游地區往往沒有治污的內生動力，必須用制度予以約束。如長江流經重慶、湖北、湖南、江西、安徽、江蘇、上海五省二市，僅靠重慶市自身治污是不夠的，下游湖北應向重慶補貼一定治污資金，依次類推。重慶在收到湖北治污資金後，如不能達標排放，則應向湖北補償罰金，這一制度可由中央政府出台統一政策，由地方政府通過談判達成可操作性方案。重慶排污是否達標，由湖北省與重慶市環保部門共同監管。這種做法，在流域均可推廣套用，而首先國家必須出台相應的法律法規。