1、法律規定調解必須在查明事實、分清責任的基礎上進行弊多利少。根據民事訴訟法的規定，法院應根據當事人自願的原則，在事實清楚的基礎上，分清是非，進行調解。查明事實、分清責任是判決的前提條件，而調解的含義本身就包括對某些界限不清的事實、責任含糊不究，互諒互讓，以達到既解決糾紛又不傷和氣的目的。當事人選擇調解的目的之一就是要提高效率，如果所有案件都要求在查明事實、分清責任的前提下進行調解，調解的優勢就會喪失，還不如判決更簡便、快捷。可見，一味要求查明事實、分清責任，既不尊重當事人的自主處分權，耗時、費力，又浪費法院的審判資源。
2、調解監督機制不健全。雖然民事訴訟法第一百八十條規定了“當事人對已經發生法律效力的調解書，提出證據證明調解違反自願原則或者調解協定的內容違反法律的，可以申請再審”。但在實踐中，由於調解協定是當事人親自簽字，即使是違法調解，調解協定內容違反法律強制性規定的還好，要求當事人提出“證明調解違反自願原則”的證據，幾乎是陷當事人於舉證不能，一般沒有造成嚴重後果的，大都將錯就錯。而且人民檢察對調解也無權提出抗訴，所以對調解的監督力度幾乎為零。
3、“調審合一”影響司法公正。民事訴訟法對調解的程式未作獨立、專門的規定，實行的是“調審合一”的調解模式。這種模式對降低訴訟成本、避免嚴格程式帶來的對抗性，具有一定的合理性和現實意義。但是，隨著司法改革的進一步深化，它在審判實踐中所暴露出來的弊端日益突出，如在案件審理過程中，法官常常身兼調解者和審判者雙重身份，勢必造成法官在身份上的衝突，一旦調解不成，容易使當事人對法院的公正和判決的正義產生懷疑，有損司法權威。
4、片面強調調解結案率的做法欠妥。調解在民事審判活動中只是一種結案方式，雖然能夠產生良好的法律效果和社會效果，但它並不是一個終極目標。審判活動的終極目標是實現公正和效率，不能為了完成調解結案的指標而久調不決，拖延時間；也不能違法調解，壓制當事人，給當事人留下“和稀泥”的印象，讓當事人心有不甘。
5、審限對調解的影回響引起重視。根據民事訴訟法的規定，適用簡易程式審理的案件，應當在立案之日起3個月內審結。對於適用簡易程式審理的案件來講，因法官在同一時間段內審理的案件數量太多，導致實際分配到每一個案件上的絕對時間是不到3個月的，並且有些案件在調解過程中需要進行“冷處理”，因法律及司法解釋未明確規定適用簡易程式審理案件的期限是否可以延長，導致有些本來可以採用調解方式解決的糾紛最後卻採用了判決方式解決。
6、當事人惡意調解問題。調解協定的達成往往是權利人一方作出某種程度的讓步以換取更大的主動權。由於社會誠信制度尚未建立，一些別有居心的人往往利用法院調解這個程式達到使對方讓步的目的，等調解協定達成後卻不按時履行協定規定的義務，而對方為了達成調解協定往往作出一定的讓步。使權利人為了能使自己的權益得到最快的保護而所作的犧牲就完全白廢，也直接影響了法院的權威與公信力。如何避免當事人自願調解的風險也成了法院調解必須要解決的問題。