（三） 違法案件查處難
有許多比較大的違法案件，在調查取證中證實：當地政府為了招商引資，發展地方經濟，完成上級指令性經濟指標（或所謂的政績考核標準），以犧牲環境資源、民眾利益為代價，置法律、法規於不顧，邊開發建設邊報批手續，甚至不辦理任何手續。對此違法案件的查處，輕者置之不理，重者政府給你“顏色”看，說你是地方經濟發展的拌腳石。我們的人財物在當地政府，查了難處理，不查處是瀆職，關鍵是缺乏強有力的強制措施。雖然，以前當地政府就國土資源管理方面存在的執法難問題，也曾聯合有關委局、司法、紀檢等部門，出台了有關檔案和規定，但真正遇到重大案件時，關係網路人情風，制約了精誠協作關係，影響依法行政。
（四）違法案件執行難
有許多違法案件，經過複雜的程式下達行政處罰決定書後，當事人不履行行政處罰決定，超過三個月的訴訟時效時，才能最終移送法院強制執行。但一方面由於各種原因，執行率相當低，違法行為所付出的成本太低（有些還比正常的合法行為成本還低），從客觀上助長了違法行為的滋生；另一方面，經過這漫長的時間過程，有些違法行為人，尤其是無證採礦者，早已是人去樓空，只剩下幾個廢棄的巷道，起不到懲治違法的目的。上級機關應當與法院做好協調工作，在基層地礦管理機關，設立執行室，以加大執行的力度，真正打下違法分子的囂張氣焰。
（五）仍有大量法律調整的真空地帶與空白點，違法行為定性難
在現行的礦產資源法律、法規中規定有“以采代探”、“邊探邊采”、“試采”、“滾動勘探開發”等述語，但既無界定機關，又無界定標準，界定程式，對該類違法行為的查處難以定性，需要以法律、法規的形式將其界定清楚。
（六）“游擊式”亂采濫挖礦產資源行為是監督檢查工作的難點之一
非法采砂、採石等活動流動性大，執法人員前去檢查，他就撤走設備，檢查人員一走就偷著再乾。國土資源管理部門查處“游擊式”違法活動比較困難。要想從根本上解決礦產“游擊戰”違法現象，應從立法上增加可以沒收當事人生產設備、工具（含運輸工具）的條款，加大懲處的力度
（七）相關法律、相關部門的職責許可權交叉，存在矛盾
在河道砂石開採管理中，多頭管理的弊病不時顯現。如有一個采砂企業，去年根據水利部門辦理的采砂許可證範圍及年限辦理了相應採礦許可證，可今年水利部門根據其上級的安排，對該采砂礦區進行拍賣，原企業未能中標，我們依法辦理的採礦許可證卻變成一紙空文，實際上是水利部門否定了國土資源部門頒發的採礦許可證，在人民民眾中造成了不良影響。這些需要上級機關在立法時給予充分考慮，加以解決。
（八）有關問題規定不明確、不具體
現行法律、法規還存在著有些規定不太明確的地方。一是在部分礦區，還存在著一些依靠後台或經濟實力撐腰，干擾正常採礦活動的礦霸行為，迫使一些礦主放棄轉讓礦業權達到強買強賣之目的，對此應如何處理沒有規定；二是對欠繳礦產資源補償費沒有規定追溯年限，基層難以操作；三是勘查作業時，采出的礦產品銷售管理辦法不明確，勘查作業所生產的附產品礦石應否繳納資源補償費不清楚。應對類似問題如何處理予以明確。