進一步理順合作醫療管理體制，實行“管辦分離”。從20*年起實行鄉鎮和縣直定點服務醫療機構合作醫療專職管理人員考試考核聘用上崗。合作醫療專職管理人員在全縣衛生系統公開招聘。由個人申請、單位推薦，經縣合管辦組織考試、考核後擇優錄用，發給聘用證書。聘用的專職管理人員工資待遇由縣合管辦考核發放，在縣合管辦直接領導下開展工作。合作醫療專管員在業務上與所在單位徹底分離，不在醫療機構兼職，獨立行使監督職能。合管辦專職管理員實行崗位工資制，專職管理員月工資核定900～1000元，略高於同等崗位水平，年底再根據全縣在職職工分配水平調整發放水平，就高不就低。縣合管辦依照《合作醫療專職管理人員考核辦法》，每年對合作醫療專職管理人員進行兩次考核，考核結果分為優秀、合格、不合格三個等次，作為其個人待遇和先進個人評選的依據，連續兩年不合格的予以解聘。
3、建立信息網路體系。為達到合作醫療工作快捷、方便、高效運轉的目的,建立了**縣新型農村合作醫療網站, 通過公眾網路運行。合作醫療各項政策、工作動態、補償公示等，點擊網站就可查詢或下載。網站開通以來，點擊人數已達43000餘人次。對定點服務醫療機構、鄉鎮合管辦實行了計算機聯網管理，工作質量和服務行為得到動態實時監測，減輕了工作強度，加快了信息反饋速度，提高了工作效率，減少了失誤，堵塞了漏洞。同時開發了實用性較強的《**縣新型農村合作醫療套用系統》，運用於農村合作醫療的管理。
（二）堅持封閉管理，確保基金安全，建立科學有效的基金管理和籌資機制
實施新型合作醫療制度的效果在一定程度上取決於基金的籌集、管理與使用的效率和效益。
1、積極探索低成本、高效率的籌資機制。為有效解決籌資難，降低籌資成本，提高工作效率，防止個別地方借合作醫療籌資捆綁收費、搭車收費、甚至截留挪用農民參合資金；避免合作醫療信息漏登、錯登、重登，避免農民年初登記，年尾不交錢，成本高、效率低的問題發生，我們改革登記方式，將20*年農民參加農村合作醫療實行邊登記、邊簽契約、邊繳費、邊發證的“四邊”工作方式，在規定的時間內，一次性完成。今年開始在全縣試行，共有42.6萬多農民參加了農村合作醫療，農民參加合作醫療個人繳費部門收繳率為100%。
2、規範基金管理、確保發揮最大效用。保障合作醫療基金安全是各級政府和有關部門的重要職責，我縣合作醫療基金管理嚴格實行“收、管、支”三分離模式，並通過新型農村合作醫療基金代理銀行----農業銀行網上銀行系統，加強對合作醫療基金運行情況的實時監控。農民個人門診基金納入合作醫療基金統一管理，分鄉鎮核算。鄉鎮建立了農民個人門診帳戶台帳，分村記帳，明細到戶，精確到人。農民個人門診帳戶可隨時到鄉鎮經辦機構查詢，做到了縣、鄉鎮、村、農戶“四對口”。住院補償基金通過政策調整，預測不會出現虧損或過多的沉澱。
3、推行住院補償“三級結算審核制”。參合農民因病在定點服務醫療機構住院治療，住院時由其進行資格審查，出院時合作醫療補償部份由定點服務醫療機構直接補償，並負責對補償金額進行審查；鄉鎮合作醫療經辦機構或定點服務醫療機構合管科負責對定點服務醫療機構的補償情況進行複審，審查出來的問題由其負責處理；縣合管辦負責對鄉鎮經辦機構或定點服務醫療機構合管科上報結算資料進行審核，審核不符合規定的不予補償，由並責令鄉鎮經辦機構或定點服務醫療機構合管科限期整改。