在實施過程中，學校注重管理與引領相結合。突出一個“研”字，一切工作都定位在教育教學的研究上。校長與教學校長親臨親為，制定研究方案，具體指導實施，並在實施過程中不斷 總結 經驗，修改、完善各項考核措施，使校本科研工作健康、有序、規範發展。
二、最佳化過程，創新管理
校本科研是校本教研和校本培訓的一種內在結合，它是以學校自身為主體，充分利用本校的教師培訓和教育科研資源，對本校教師實施綜合素質培訓，並將教師培訓、教師參加教育科研項目與教師的日常教研活動結合起來，它整合了校本教研和校本培訓的思想、模式與體制。為此，從一開始，學校就將校本科研定位在堅持“教研科研一體化，教學研究課題化，課題研究群體化”的思路上，同時，與其配套的各項活動及考核措施相應跟進，為研究效果做保障。
1、聚焦核心，逐一突破，滾動管理
我們採取研究問題縮小策略，將寬泛的研修主題縮小到易於把握的程度，直接聚焦到研究問題的核心。同時採取各個突破的戰略，在一個階段內，集中力量解決某一方面或某一階段的問題，收到實效後在此基礎上再提出新的研修問題，即對研究課題實行滾動式管理。我們感覺這是提高校本科研實效性行之有效的重要策略。如：課改初期，教師亟待解決的是教育觀念以及教師角色轉換問題，因此，我們確立出《主體參與型課堂教學模式的構建》這一研究課題。當我們看到教師能夠俯下身來與學生平等交流、平等對話，把自己當作學生學習的夥伴去引導、組織學生學習時，我們又根據課程改革的進程提出了《構建生活的課堂》這一課題，其目的是引導教師挖掘身邊的課程資源，追求課堂教學的返璞歸真。當這一問題得到解決後，我們又根據課程改革的核心問題：“一切為了學生的發展”，讓學生學會學習，使學生終身受益，先後又提出了新的課題（見課題表。如：《對話式課堂教學模式的建立》、《對話教學模式下學生問題意識的培養》、《學生學習策略與教師策略教學的研究》等）。
這樣，我們以課題為研究的載體，以套用研究、微觀研究、行動研究為主，以研究問題，解決問題，為教育教學的實踐服務為目的，腳踏實地的解決教育教學中碰到的實際問題，從而極大提高了教育教學的質量，增強了科研興校的生命力。校本科研呈現出“教學研究與教師培訓一體化，教師研究與教學工作一體化，課題研究與教學研究一體化”的研修機制。
2、重心下移，強化引領，淡化管理
校本科研中的研究主體是一線教師；研究的對象是我們的課堂教學中現存的實際問題；研究的目的是有效解決課堂中的現存問題，提升課堂教學質量。校本科研是將教師專業發展帶回了教師的日常工作之中，因此，我們將研究的重心下移到教研組，這樣就極大地調動了教師參與的積極性，鼓勵了教師的創新性。一方面填補了理論和實踐之間的空白，另一方面又促進了學校科研特色的形成，使教師、學校、學生“三贏”成為了可能。
在研究重心下移到教研組的同時，我們積極探索以“引領、合作”為核心的新型研究形式，以各教研組為基本研究單位，藉助集體的智慧碰撞和群體的思想交流，促進個體認識的縱向深入和認識的橫向拓展。主要採取了如下做法：