在契約實施過程中經常會出現以下問題：由於投標時施工圖紙尚不到位或設計深度不夠，往往會對進場道路的地基承載力情況、建築物之間的干擾情況、墊層、排水設施、防護設施情況未能寫明，僅憑經驗去猜測估算顯然是不夠的；由於“相關工程的附屬工作”無明確解釋，其定義的外延和內涵難以準確把握，給工程的計量工作帶來不確定性；
(3)隨著工程的進展，地質、地貌及施工條件進一步的暴露，設計變更是難免的。但變更頻率的增加，必然會影響承包商對施工措施的調整，從而影響報價方案的改變，以致促使個別項目從量到質的轉變，其主要表現為:工程量的變化趨向一旦被承包商發現和利用，則會給業主帶來損失；工程量的較大變化往往會引發施工索賠，例如：承包商的“施工隊伍調遣費”、“臨時設施費”等不夠運用，必然要求業主賠償；工程量的增加容易促成承包商提出趕工費的要求，如果業主捨不得掏錢，工期滯後將會對業主造成更大的威脅；另外，頻繁的設計變更還會使承包商蒙受損失。由於某分項工程量的較大變化，承包商的“不平衡報價”失靈了；承包商的某些施工措施或施工經驗失效了，若採用新的技術和方法，必然會造成承包商的有形投入和無形投入。
頻繁的設計變更直接造成了業主對投資控制的困難。由於契約造價通常是根據工程量清單投標報價加上適當的預留費後確定的。業主承擔工程量的風險，承包商承擔單價風險。由於變更，承包商有理由要求追加施工措施費、追加趕工費等費用，當其超過一般規定的15%(按照契約規定)時，就有理由要求調整契約價格。對於新增項目，承包商有理由要求按現行市場價格作單價分析，毋需遵循投標報價原則，這樣的話，還要簽訂施工補充協定，從而使契約管理的難度加大。
監理工程師是建設項目管理的一方，在工程建設的不同階段，具有不同的工作內容。由於對大部分建設項目工程師未能參與到設計階段和招標階段的造價控制，往往會造成工程師無權過多地干預設計深度和設計質量的局面。但是，我們注意到，隨著我國在建設領域的工程項目建設中採用(推廣)限額設計，加強設計階段工程造價的控制環節，將有效地處理好技術與經濟對立的關係，提高設計質量，扭轉投資失控現象。同時，可以相信，通過工程實踐與探索，摸索出一套完善的設計、施工造價管理體系指日可待，工程量清單計價模式的施行道路將越來越平坦。
2 變更與索賠審核過程中的難點與對策
依據契約條件及相關法規生成的契約書，是工程進行過程中的最高行為準則，但它不是預言書，也不是解決各類變更及索賠事件的利刃，所以，面對千變萬化的變更與索賠事件，“迎刃而解”只是預期的目的，需要付出艱苦而細緻的勞動。
在法規及各類條款中，我們經常可以找到有關業主、承包商、工程師三者的平等互惠關係的記載。但是，在一般人的潛意識中，都把業主、承包商、工程師作了新的位置排序，“老大”、“老二”不言自喻。受計畫經濟的影響而沿襲下來的一些弊端，受“潛意識”支配的影響而造成的一些非常因素，無疑會給契約執行過程中的變更與索賠事件處理帶來難度。意識形態是不容易約束的。假如某些事件可依據的條款較少，假如某些人為因素得不到限制，往往會形成一種“興之所致”、 “無可奈何”和“一言難盡”的局面。這種局面如果任其蔓延和滋生，將會扭曲契約的本來面目，具體而言之有以下幾種情況。