難點一：由於變更，產生了新施工工藝的引進，而這種工藝是在定額和規範中找不到的。應對此類變更事件，一般採用實物法，變更報價過程為承包商報價——工程師審核——業主審批。工程師在審核過程中，首先要深入現場了解施工工藝和流程，其次是對承包商的量化指標予以測定，爾後徵詢承包商和業主對計算方法和計算結果的意見，同時做好解釋工作擬文報送業主審批。從嚴格意義上說，監理工程師付出的勞動是應該得到尊重的。此類事件若發生糾紛，在契約的任何一方未提出要求仲裁的意向之前，監理工程師的裁定應是最後裁定。承包商的“漫天要價”是不行的，業主方的大刀也不能盲目的砍，否則這種糾紛會造成契約管理的低效率。這裡所說的“嚴格意義”是契約賦予契約各方的權力。但是，受長期以來建築行業“大業主”、“小監理”意識的左右，工程師在契約管理工作中的地位無形地會受到排擠，因為錢是裝在業主的“腰包”里，提意見是無用的。只有倡導建立起有效的監督機制，落實各項法規才是根本；
難點二：固定總價契約的“變更”與“索賠”。固定總價契約是將工程量與單價的風險全部由承包商承擔的一種契約模式。這種契約項目一般為主體工程的附屬項目或者是公共建築項目，因為其造價較小，為了簡化契約管理程式，加快工程建設速度，採用固定總價契約是可行的。但是，由於設計“變更”或者業主在某些功能上提出了高於原設計意圖的要求，其“固定總價”的含義被事實所改變。
首先，我們對此類事件的發生應有充分的預防措施，如加強圖紙會審和現場查勘工作，工程建設各方對契約風險應有充分的估計和預測，使契約總價儘可能涵蓋這些可能發生的風險應對費用，並以文字形式寫進契約，構成契約必不可少的要件；其次，採取有效的補救措施。如果契約的標的物不符合(超過或未達到)契約中約定的質量要求或功能要求，那么，應首先明確當事人的責任。若是設計方要求改變產品局部性質提高產品性能的，其費用應由業主承擔。《補充協定》或《會議紀要》是較好的補救措施；若是承包方施工未達到和滿足產品質量性能的，自然是令其返工、修理乃至賠償損失，對於這種情況，監理工程師的《現場指令》即有效。
但是，由於工程建設各方在這方面經驗不足，往往忽視了措施補救工作的重要性，從而給“固定總價契約”造價管理和竣工結算工作帶來了許多困難；
難點三：設計變更與“追加為完成工程所需的任何額外工作”。
一般的契約條款對變更的範圍和內容均有規定，但其中“追加為完成工程所需的任何額外工作”不易理解。這句話所說的“額外工作”究竟是屬於哪一類的工作呢？額外工作的量到底有多少限制呢？這在實際操作中很難把握。
對照工程量清單與契約變更條款，在履行契約過程中，監理人可根據工程的需要指示承包人進行多種類型的變更。其變更類型，有的通過閱讀契約工作內容的說明容易理解界定，有的通過對照工程量清單與投標技術檔案也容易界定。而上述這一點的難以把握卻是因為它涉及到這些“額外工作”是否需增加新的施工措施和手段；是否還需要遵循投標報價原則施行變更報價；是否需要以補充協定的形式追加工程價款……這一系列的問題又直接關係到契約各方的經濟利益，所以，往往會產生分歧。