第三階段：調處糾紛，制訂方案。時間從5月16日至5月20日。調處糾紛，化解矛盾是這次依法完善農村土地二輪延包工作最重要、最關鍵的一環，直接關係到整個工作的成敗，如果這一環節出了問題，整個工作就要推倒重來。對查找出的土地糾紛，在廣泛徵求和聽取民眾意見的基礎上，駐村工作隊要上門協商化解，及時會同鄉（鎮）、村共同研究，依法依規和政策，尊重歷史，尊重事實，讓民眾全程參與，處理結果必須讓民眾接受，達成調解協定。在處理好糾紛的基礎上，由延包小組擬定並公布本組確權確地方案。以組召開民眾代表會，討論承包方案，經三分之二以上表決通過並形成決議，報村“兩委”審查，表決結果要有記錄和簽字確認，並張榜公示。然後以村為單位報鄉（鎮）人民政府和縣人民政府批准，報縣經管局備案。
第四階段：確權到戶，簽訂契約，頒發權證。時間從5月21日至6月10日。主要是實施已經批准的確權確地方案，填報調整後的《農村土地承包情況登記表》，建立基礎數據台帳。各村在工作隊的指導下，按農村土地承包情況登記表，認真填寫農村土地承包契約書，填好編號，田塊“四至”、田塊面積、土地級別及承包期限。再與承包農戶履行契約簽約手續，不得委託代簽、代辦，由鄉鎮經管站鑑證，在此基礎上，組向村，村向鄉（鎮），鄉（鎮）向縣申請發證，填報《農村土地經營權證登記申請表》，經縣人民政府批准後，由鄉（鎮）集中組織填寫經營權證和《農村土地承包情況登記薄》。頒發新證收回舊證，堅決杜絕一戶兩證現象。
第五階段：建立檔案，建章立制。時間從6月11日至6月20日。縣經管局、鄉（鎮）經管站和村級組織應對土地二輪延包中的各種原始資料，表、簿、冊、方案和契約進行整理歸檔。縣級本次農村土地承包情況登記薄和農村土地承包契約書分別交由縣經管局和縣檔案局建檔管理。同時要建立農村土地承包契約管理制度、農村土地承包經營權證登記制度、農村土地承包檔案管理制度和農村土地承包契約糾紛仲裁管理制度。
第六階段：檢查驗收，查漏糾編。時間從6月21日至6
月30日。省委俞正聲書記對依法完善農村土地二輪延包工作提出了要“像稅費改革一樣逐縣組織驗收”的要求，因此，各級各部門要認真抓好檢查驗收工作。鄉鎮要組織自查驗收，制訂驗收方案，並報縣經管局備案。自查合格的鄉鎮以書面形式申請縣裡驗收。驗收要做到“四符合”，即土地糾紛調處符合民意，土地承包契約、證書和手續程式符合法規，權證、契約相關資料符合標準；檔案管理、制度建設符合要求。檢查驗收實行關鍵事項否決制，發現有下列情況之一的，直接認定被檢查鄉鎮不合格，一是“兩田制”的錯誤做法仍未糾正的，落實確權確地方案搞暗箱操作、未公示公開民眾不滿意的，二輪延包方案明顯違反法律法規和政策規定的；二是契約、權證未到戶（未經當事人授權代簽），補（換）發的契約文本、權證樣式不符合統一格式規範，土地承包台帳、契約、權證等登記內容不一致，未按規定要求延長土地承包期；三是處理土地承包、流轉和徵用糾紛不當或久拖不決，引發惡性案件或群體上訪事件的；四是土地承包管理機關不健全的；五是預留的機動地面積超過本集體經濟組織耕地總面積5%的。