二、產生的原因
引起農業依法行政的困難和問題的原因是多方面的：行政執法主體的少數領導幹部對行政執法的重視程度不夠、執法人員的法制意識不強以及行政執法理論研究的薄弱等，是其主觀上的原因；法律規範相互之間存在的矛盾、執法體制不順、執法人員素質偏低、執法程式不完善、法制宣傳不夠深入以及行政法制監督體系不完善和不到位等，則是其客觀原因。
此外，行政執法主體屬於行政機關的比例不高、部分行政執法主體的執法活動不夠正常，執法手段不夠、檢測設備不足、辦案條件太差，執法中取證難、處罰決定難以實施等，都是農業依法行政需要面對和解決的問題。
三、加強農業依法行政的建議與對策
（一）加強依法行政的法制建設
隨著社會主義法律體系建設的不斷加強，法律制度日臻完善，農業工作要做到依法行政就必須牢固樹立憲法意識、法律意識，認真學習掌握法律法規。
一要結合開展普法教育，加強法律知識的教育和培訓，使各級農業行政機關及其工作人員掌握國家的基本法律法規，熟悉地方法規，提高法律素質，增強依法行政的能力和水平。
二要嚴格執行法律，規範行政執法行為。各級農業部門和工作人員都必須依法行使權力，履行職責。依法行政的核心是規範行政權力。要認真落實行政執法責任制和執法過錯追究制，嚴格行政責任。建立權責明確、行為規範、監督有效、保障有力的行政執法體制，做到嚴格執法、公正執法、文明執法。
三要全面貫徹實施行政訴訟法、行政複議法、國家賠償法、行政處罰法等規範政府共同行為的重要法律以及相關配套法規、規章。規範執法程式，糾正本位主義和地方及部門保護主義，堅決消除執法中的腐敗現象。
四要搞好行政複議，加強行政監督。行政複議是行政機關自我糾正錯誤的重要監督制度。各級農業管理部門都要認真實施行政複議法，履行行政複議職責，開展行政複議工作，加強行政系統內部的層級監督和專項監督，密切政府與人民民眾的關係，維護社會穩定。要嚴格追究不履行行政複議職責者的法律責任。堅決查處糾正對行政複議申請該受理的不受理，該作決定的不作決定，以及“官官相護”等違法和不當行政行為，確保法律和政令暢通。
五要加強農業行政立法，完善法制體系。農業行政立法是法制體系建設的重要組成部分，是對法律、法規規定的進一步具體化和補充。要按照立法法的規定，嚴格遵循法制統一原則，完善立法程式，提高行政立法的透明度和公眾參與程度 。
（二）轉變農業依法行政的管理職能
農業行政管理部門要堅持立黨為公、執政為民，按照政治體制改革和完善社會主義市場經濟體制的要求，加快職能轉變，加強黨風廉政建設，不斷改進作風，提高行政效率，形成“行為規範、運轉協調、公正透明、廉潔高效”的行政管理體制。
一要加快職能轉變。積極改革行政管理體制和管理方式，深化行政審批制度改革，切實把行政管理職能轉變到經濟調節、市場監管、社會管理和公共服務上來，要善於運用法律、經濟手段管理社會，推動發展。要進一步調整機構設定，理順職能分工，逐步實現職能、機構和編制的法定化。
二要建立完善政務公開制度，積極推行政務公開。把政務信息公開經常化，增強行政決策與行政管理的透明度，擴大人民民眾的知情權。凡是關乎經濟社會發展的長遠大計和民眾切身利益的問題及其辦理結果，都要以適當方式公開，廣泛徵詢民眾的意見。