2004年5月17日，以北京捷運四號線、十號線黃莊車站2號豎井工區為標的，隧道分公司首次內部勞務承包招標工作圓滿結束。
中鐵十四局集團領導認為，隧道分公司的“工序內部招標”和“以項目經理、書記、總工為核心的項目班子競聘上崗”的做法，是一次具有實質意義的改革創新和突破。這些做法嚴格遵循了市場經濟規律，較好地解決了職工上崗再就業問題，避免了工程外包中的效益流失，能夠更好地發揮項目班子的整體功能和團隊力量，真正做到黨政共同負責。這項改革後來又在宜萬鐵路工地第二次推廣試行，取得良好效果。
其實，這只是隧道分公司十年改革的一個小小縮影。
隧道分公司成立之初，沿用的是工程處、工程項目部、工程隊三級管理。隨著市場經濟的不斷發展和日益加劇的行業競爭，改革舊的管理體制、建立完善科學的管理體制，是企業發展的必然。在廣泛調研、認真學習的基礎上，隧道分公司大膽探索改革制度。他們打破傳統的項目管理模式，實行指揮部和工程隊聯合辦公。指隊聯合辦公首先簡化了管理層次，做到組織機構扁平化。撤銷隊一級管理機構，壓縮一級管理層，將工程隊業務人員歸口到指揮部各職能部門統一管理，實行“指揮部——班組”扁平組織機構。其次，職能結構得到最佳化。將指揮部、隊兩級管理費用壓減為一級管理費用，實行一支筆審批制度，大大節約了管理成本；以班組為成本中心，推行班組責任成本核算；管理重心下移，項目部管理層直接面向基層，為施工生產服務，為現場服務，現場管理職能得到加強。
隧道分公司將這一管理制度在一個項目進行了試點，結果，項目部的非生產性人員減少了20%；管理費用開支下降了16%；施工現場的管理和控制得到加強，現場的技術力量得到充實，項目部取得了多項科技成果；基層建設得到加強，基層業務人員的素質通過學習得到提高，施工班組的成本意識增強，管理和核算能力逐步提高；工程成本得到有效控制和降低，經濟效益顯著提高；通過班組核算，增加了工人的個人收入。試點工作取得了成功，隧道分公司隨之在所屬各項目進行了普及。
後來，此項改革與集團公司的“兩個直管”、“五大市場”成功對接，隧道分公司真正實現了企業直管項目部，項目部直管施工作業層。形成了企業內部人才交流、勞動力調配、資金調度、機械設備租賃、物資材料採購“五大市場”。
1998年，隧道分公司在施工一線全面推行隊級核算工作，以工程隊為內部核算單位，按照內部責任預算進行承包，一次包死，自負盈虧，工程隊只承擔預算內的管理風險、管理責任，不承擔經營風險，此項改革使工程項目部降低了施工成本。同時也使分配製度趨於合理，工人實現多勞多得。之後，他們又變自上而下的成本核算為自下而上的定額管理，使責任成本目標更加合理。
內部施工定額管理，為隧道分公司在市場競爭中提供了底線參考，避免了在過度競爭中使企業虧本投標和虧本經營。有了內部施工定額，各項目部在制定責任目標時有效地避免了盲目現象，運用“跳一跳摘到桃子”的原理，制定切實合理的責任核算目標。既實現了項目部施工成本最小化，又激勵職工通過努力增加了個人收入。達到了壯大企業造福職工的雙重目的。