肝藏血，腎藏精，精血可以互生；肝屬木，腎屬水，水可以生木。肝腎之間的關係極為密切，故有“肝腎同源”、“精血同源”、“乙癸同源”之說。肝主疏泄，腎主封藏，二者相反相成，故肝腎之間的關係主要表現在肝腎同源及疏泄與封藏關係方面。
1. 肝腎同源：所謂肝腎同源，主要是指精血同源、精血互生的關係。肝藏血，腎藏精，精能生血，血能化精。肝血有賴於腎精的資助，腎精足則肝血旺，腎精亦賴肝血的滋養，肝血旺則腎精充。正是由於精血之間可以互生互化，所以，腎精與肝血，榮則同榮，衰則同衰。肝血和腎精，又同源於水谷精微，依靠水谷精微的不斷充養，才能充盛而不衰，故稱肝腎同源。在五行中，肝屬木，腎屬水，腎水可以養肝木。陰陽學說認為，腎陰為一身陰液之根本，對各臟腑的陰液具有滋養功能，肝陰得到腎陰的資助，即能涵斂肝陽，使肝的陽氣不至過亢，保持了陰陽之間的動態平衡。腎陰養肝陰的理論與水生木是一致的。
臟腑配屬五行、天干、方位，肝為東方甲乙木，腎為北方壬癸水。肝膽相表里，均屬木，但肝為乙木，膽為甲木。腎與膀胱相表里，均屬水，但腎為癸水，膀胱為壬水。因此，肝腎同源又稱之為“乙癸同源”，其中乙代表肝，癸代表腎。
由於肝腎在生理上有緊密的內在聯繫，在病理上也常互相影響。
2. 藏泄互用：肝主疏泄，腎主閉藏，二者之間存在著相反相成的聯繫。