2005年4月，某市地稅局稽查局對某企業進行2004年度稅務檢查時，發現該企業一筆賬務處理為：
借：應付工資125067.38貸：其他應付款——應交個人所得稅
125067.38。經詢問會計人員得知，2004年市稽查局對該單位代扣代繳個人所得稅情況進行了專項檢查，發現企業未足額代扣代繳職工的個人所得稅，差額為125067.38元。由於不好向職工追繳，企業代職工繳納了這筆稅款。當稽查人員指出由於企業代職工繳納了個人所得稅稅款，職工還要再補繳個人所得稅、調整賬務處理時，企業財務人員一臉茫然地說：“查補的稅款，我們已經繳納了，怎么還要再補稅呢？”
稽查人員耐心地向財務人員進行了解釋。《個人所得稅法》第八條規定支付所得的單位和個人為扣繳義務人，作為職工個人收入的支付單位，企業是法定的扣繳義務人，在支付職工個人收入的時候從個人收入中代扣應繳的個人所得稅。如果企業未能足額代扣代繳，根據國稅發〔2003〕47號檔案的規定，扣繳義務人違反《稅收征管法》及其實施細則規定應扣未扣、應收未收稅款的，稅務機關除按有關規定對其給予處罰外，應當責成扣繳義務人限期將應扣未扣、應收未收的稅款補扣或補收，但補扣的稅款仍應由職工個人負擔。
例如，一名職工一個月取得工資1500元，不考慮其他扣除項目，減除費用為800元，企業當月代扣代繳個人所得稅45元〔（1500－800）×10%－25〕。經檢查發現，這名職工還取得當月獎金1000元，根據規定兩者應合併計算個人所得稅，則該職工當月應納個人所得稅145元〔（1500+1000－800）×10%－25〕，企業少代扣代繳100元，應將少扣的100元從個人收入中補扣。
如果企業為個人負擔了這筆稅款，根據國稅發〔1994〕89號文第十四條的規定，單位或個人為納稅義務人負擔個人所得稅稅款，應將納稅義務人取得的不含稅收入換算為應納稅所得額，重新計算該職工應納的個人所得稅。上例中，企業為個人負擔稅款100元，職工個人的應納稅所得額=職工取得的工資+企業代職工負擔的稅款－費用扣除標準=1500+1000+100－800=1800（元），應納個人所得稅=1800×10%－25=155（元），與企業不負擔稅款時職工應納的個人所得稅145元相比，還應再繳納個人所得稅10元。因此，由於企業代職工支付了查補的個人所得稅125067.38元，應將職工不含稅收入反算成含稅收入計算個人所得稅，再次補繳稅款。
稅務人員進一步分析，企業將負擔的稅款列入應付工資後，經過成本結轉，已經影響了企業的損益，由於個人所得稅應當由個人負擔，對於企業而言是與取得收入無關的支出，在納稅申報時負擔的這筆稅款應作為納稅調整項目調增應納稅所得額。
經過稽查人員的解釋，企業財務人員恍然大悟，並在稽查人員的幫助下調整了企業所得稅申報表。