1、特殊目的的審計是指註冊會計師對被審計單位年度會計報表以外的其他特定事項進行的審計，並發表審計意見。註冊會計師進行特殊目的的審計，通常要運用一般目的的審計程式和方法。一般目的審計業務與特殊目的審計業務的審計均需發表審計意見，註冊會計師無論是執行一般目的的審計業務還是執行特殊目的的審計業務，均需執行獨立審計準則。一般目的審計業務的審計程式和方法通常也適用於特殊目的審計業務的審計。一般目的審計業務和特殊目的審計業務員均為註冊會計師的審計業務，但註冊會計師執行一般目的的審計業務應當運用獨立審計具體準則；而執行特殊目的的審計業務，則應當運用獨立審計實務公告。
2、特殊目的的審計業務包括：
（1）對按照特殊編制基礎（如收付實現制基礎，計稅基礎）編制的會計報表進行審計。
（2）對會計報表的組成部分進行審計。例如，對會計報表內的特定項目如存貨、長期投資、利潤分配等發表審計意見。
（3）對法規、契約所涉及的財務會計規定遵循情況的審計。廠長（經理）離任審計等。
（4）對簡要會計報表的審計。被審計單位可能因特殊需要委託註冊會計師對根據已審計會計報表編制的簡要會計報表進行審計，並發表審計意見。
3、特殊目的審計報告
（1）特殊編制基礎會計報表的審計報告
註冊會計師在編制特殊編制基礎的審計報告時，應當在範圍段中指明所審計會計報表的編制基礎；並在意見段中說明所審計會計報表在所有重大方面是否按照該基礎進行了公允表達。會計報表如依據特殊編制基礎編制，註冊會計師應考慮會計報表標題或其附註是否已指明該編制基礎，如未適當指明，註冊會計師應出具帶說明段的審計報告。
（2）會計報表組成部分的審計報告
註冊會計師在出具會計報表組成部分的審計報告時，範圍段中指明會計報表組成部分所依據的編制基礎，或提及對編制基礎加以限定的協定，並在意見段中說明所審計會計報表組成部分在所有重大方面是否按照該基礎進行了公允表達。
如果已對會計報表整體發表否定意見或拒絕表示意見，只要會計報表組成部分不構成會計報表整體的主要部分，註冊會計師就應對該組成部分出具審計報告。
註冊會計師應當提請被審計單位不應在會計報表組成部分的審計報告後附送整體會計報表，以避免會計報表使用者產生誤解。
（3）法規、契約所涉及的財務會計規定遵循情況的審計報告
註冊會計師在出具法規、契約所涉及的財務會計規定遵循情況的審計報告時，應當在範圍段中指明已經對法規、契約所涉及財務會計規定的遵循情況進行了審計，並在意見段中指明是否發現法規、契約所涉及財務會計規定未得到遵循的情況（消極保證方式）。國際審計準則則要求在意見段中說明，依審計人員的意見看，被審計單位是否遵循法規、契約的特定條款的規定（積極保證方式）。
（4）簡要會計報表的審計報告
註冊會計師只有在對會計報表發表審計意見後，才能對根據已審計會計報表編制的簡要會計報表出具審計報告。如未對已審計會計報表發表審計意見，則不應對該簡要會計報表出具審計報告。
註冊會計師在出具簡要會計報表的審計報告時，應在範圍段中特別指明下列事項：
①已按獨立審計準則審計了簡要會計報表所依據的會計報表。
②簡要會計報表所依據的會計報表審計意見類型及審計報告日期。如對簡要會計報表所依據的會計報表發表了非無保留意見，還應指明發表該意見的理由及其影響。
註冊會計師應當在審計報告意見段中指明簡要會計報表在所有重大方面是否與其所依據的已審會計報表相一致。如對簡要會計報表所依據的會計報表發表了非無保留意見，註冊會計師還應提及該意見類型。
註冊會計師應當在意見段之後增加說明段，指明為了更好地理解被審計單位的財務狀況、經營成果和現金流量，簡要會計報表應與已審會計報表及其審計報告一併閱讀。