1、註冊會計師在審計中一般直接進行實質性測試。對應付債券的內部控制制度，如果企業債券業務不多，註冊會計師可根據成本效益原則決定直接進行實質性測試；如果企業應付債券業務繁多，註冊會計師則必須對應付債券的內部控制制度進行符合性測試。
2、在了解應付債券內部控制制度時，一般應注意以下問題：
（1）債券的發行是否根據董事會授權和有關法律規定進行；
（2）債券發行是否履行審批手續；
（3）債券發行收入是否立即存入銀行；
（4）是否按照債券契約的規定及時支付債券利息；
（5）是否將應付債券記入恰當的賬戶；
（6）債券持有人明細賬是否定期核對；
（7）債券持有人明細賬是否指定專人妥善保管；
（8）債券的償還和購回是否根據董事會授權辦理。
3、測試應付債券內部控制制度的測試程式：
（1）取得債券發行的法律性檔案，檢查債券發行是否經董事會授權、是否履行了適當的審批手續、是否符合法律的規定；
（2）檢查企業發行債券的收入是否立即存入銀行；
（3）取得債券契約，檢查企業是否根據契約的規定支付利息；
（4）檢查債券入賬的會計處理是否正確；
（5）檢查債券溢（折）價的會計處理是否正確；
（6）取得債券償還和購回時的董事會決議，檢查債券的償還和購回是否按董事會的授權進行。
4、投資活動的內部控制：
（1）合理的職責分工。
（2）健全的資產保管制度。
（3）詳盡的會計核算制度。
（4）嚴格的記名登記制度。
（5）完善的定期盤點制度
5、投資的內部控制測試程式：
（1）了解投資內部控制制度。
（2）進行簡易抽查。
（3）審閱內部盤核報告。
（4）分析企業投資業務管理報告。
（5）評價投資內部控制制度。