2003年，財政部、國家稅務總局先後頒布了《企業會計制度》和《企業所得稅前扣除辦法》，對所得稅的調整項目及會計處理作出了新的規定，要求所有企業從2001年起以稅法認定的收入進行納稅申報；如果會計制度與稅法有不一致或不協調的方面，應按會計制度進行核算，納稅時再作調整。
實際工作中，納稅調整的主要方面有：
1.按會計制度規定核算時作為收益計入會計報表，在計算應納稅所得額時不確認為收益
（1）國債利息收入。會計核算中，企業購買債券所產生的利息收入，均計入當期損益；而《企業所得稅暫行條例實施細則》規定，企業購買的國債利息收入不計入應納稅所得額，不繳納所得稅。
（2）股利收入。投資企業從被投資企業分回的已繳納所得稅的股利，會計上計入當期損益；稅法上則規定如果投資企業的所得稅稅率不高於被投資企業，則投資企業的股利不需調整納稅所得。
2.按會計制度規定核算時不作為收益，不計入當期損益，而在計算應納稅所得額時作為收益，需要繳納所得稅
（1）在建工程試運行收入。依會計制度，企業在建工程項目達到預定可使用狀態前所取得在試運轉過程中形成的，能夠對外銷售的產品，發生的成本計入在建工程成本，銷售或轉為庫存商品時，按實際銷售收入或預計售價沖減工程成本；而稅法規定，企業在建工程發生的試運行收入，應併入總收入予以徵稅，不能直接沖減在建工程成本。
（2）企業將自己生產的產品用於本企業工程項目，在會計核算中按成本轉賬，不計入當期損益；而在稅收上則應按該產品的售價與成本的差額計入應納稅所得額。
3.按會計制度規定核算時確認為費用或損失，計算會計利潤時應予以扣除，計算應納稅所得時不允許扣除
（1）罰款支出。會計制度規定，各種罰款、違約金、滯納金等全部計企業營業外支出。而《企業所得稅前扣除辦法》規定，因違反法律、行政法規而支付的罰款、罰金、滯納金在計算應納稅所得額時，不得扣除。有一點除外，即企業按照經濟契約規定支付的違約金（包括銀行罰息）、罰款和訴訟費可以在稅前扣除。
（2）公益、救濟性捐贈支出。按照會計制度規定，企業通過非營利的社會團體、國家機關向教育、民政等公益事業和遭受自然災害的地區、貧困地區的捐贈支出計入企業的營業外支出；而按照所得稅條例和細則規定，納稅人用於公益、救濟性的捐贈，在年度應納稅所得額3％以內的部分可予以扣除。應注意的兩點是：
①某些特定的捐贈行為，如企業通過非營利性社會團體和國家機關向紅十字事業進行捐贈的，其捐贈額允許在稅前全額扣除，不受3％的標準限制。
②納稅人直接向受贈人捐贈以及納稅人向國外捐贈和非公益、救濟性的捐贈，納稅時不得扣除。
（3）贊助費。按照行業財務制度規定，計入當期費用支出，減少當期利潤；稅法則規定，在計算應納稅所得額時不允許扣除。
（4）廣告費和業務宣傳費。會計制度對上述兩項費用未進行嚴格區分，企業據實以廣告費計入當期的營業費用。稅法上，區分為廣告費和業務宣傳費，對企業納稅年度的廣告費支出應不超過銷售（營業）收入的2％（2001年部分行業，如製藥、食品、日化、家電、通信、軟體開發、積體電路、房地產開發、體育和家具建材商城等調整為8％），可據實扣除；超過部分可無限期向以後納稅年度結轉。糧食類白酒不得在稅前扣除；業務宣傳費（主要是未通過媒體廣告性支出，包括企業發放印有企業標誌的禮品、紀念品等），企業在不超過每一納稅年度銷售（營業）收入5‰範圍內，可據實扣除。