在稅收征管工作中，我們經常會遇到企業因各種原因註銷稅務登記證時該如何處理存貨的問題。在對企業存貨處理時，稅務機關的做法往往不盡一致，影響了稅收政策的嚴肅性，現將企業註銷時存貨處理的方法介紹如下，供大家探討。
一、一般納稅人在企業註銷時的存貨處理方法
一般納稅人企業申請註銷稅務登記時，如果企業銷項稅金大於進項稅金，並且按註銷企業的有關政策規定交納增值稅後，企業還有存貨餘額的，其存貨餘額部分應按存貨的適用稅率計算補交已抵扣的稅款，因為存貨在當初購進時其進項稅金已作了抵扣，減少了當期應交稅金，既然現存貨已經退出了企業的經營活動，所以要對先期已抵扣的進項稅進行調整。這不僅符合增值稅的立法原則，而且也能避免稅收流失，同時也可防止企業利用高存貨增大抵扣稅金偷逃稅款。
二、小規模納稅人在企業註銷時的存貨處理方法
由於小規模納稅人企業在政策上的特殊性，因此小規模納稅人企業購進貨物無論是否取得增值稅專用發票，其支付的增值稅額均不得進入進項稅額，不得由銷項稅額抵扣，而應計入購貨成本。因此，小規模納稅人企業註銷時，其存貨不作納稅調整。
三、一般納稅人劃轉為小規模納稅人時的存貨處理方法
按稅收政策規定，年應徵增值稅銷售額在180萬元以下的從事貨物批發或零售的一般納稅人以及年應徵增值稅銷售額在100萬元以下的從事貨物生產或提供應稅勞務的一般納稅人應劃轉為小規模納稅人企業進行管理。如果在劃轉時，企業銷項稅大於進項稅，且企業有存貨餘額的，應先按存貨購進原價進行價稅分離，分離出的增值稅額應計入原一般納稅人的銷項稅金中去，再按原存貨的購進價稅合計金額計入劃轉後的小規模納稅人企業存貨賬簿中。
四、小規模納稅人轉為一般納稅人時的存貨處理方法
按稅收政策規定，年應徵增值稅銷售額在達到180萬元以上的從事貨物批發或零售的小規模納稅人和年應徵增值稅銷售額在達到100萬元以上的從事貨物生產或提供應稅勞務的小規模納稅人，應劃轉為一般納稅人企業進行管理。在劃轉時，如果小規模納稅人有存貨餘額的，由於小規模納稅人不具有增值稅專用發票的使用權，而劃轉後的一般納稅人購進貨物的進項稅可以抵扣，因此原小規模納稅人可依存貨購進價稅合計金額到稅務機關服務視窗開具增值稅專用發票，並按政策規定完稅，新劃轉的一般納稅人企業可將取得的稅務機關開立的增值稅專用發票上註明的增值稅款進行抵扣。
五、企業註銷後再銷售存貨的處理方法
一般納稅人企業和小規模納稅人企業註銷稅務登記後，企業已不能再進行經營活動了，如果企業存貨沒有處理完畢，過一段時間後還有存貨需要銷售時，應持購貨單位的結算證明和雙方的購銷協定，到稅務機關開立普通發票，並按稅收政策規定按徵收率交納稅款。