·沉澱法
將鹼水液用酸調ph弱酸性，加生物鹼的沉澱試劑，使水溶性生物鹼與試劑生成不溶於水的複合物或鹽而析出，濾取沉澱，淨化、分解即得水溶性生物鹼。實驗室常用的雷氏銨鹽沉澱法，具體操作是將鹼水液加鹽酸調至ph 2 左右，加入新鮮配製的雷氏銨鹽飽和水溶液，濾集生成的生物鹼雷氏鹽沉澱，用少量水洗滌1～2次，抽乾。將沉澱溶於丙酮（或乙醇），濾除不溶物，再將此丙酮液通過氧化鋁柱淨化，並用丙酮洗脫，收集丙酮洗脫液，向其中加入硫酸銀飽和水溶液。也可不經過氧化鋁柱淨化直接向生物鹼雷氏鹽丙酮溶液中加入硫酸飽和水溶液，使生物鹼雷氏鹽分解，生成生物鹼硫酸鹽和雷氏銀鹽沉澱，過濾後再向濾液中加入計算量氯化鋇溶液，生成生物鹼鹽酸鹽和硫酸鋇沉澱，過濾，濾液蒸乾即得水溶性生物鹼鹽酸鹽，整個反應過程以反應式表示如下。
b
＋ nh
[cr(scn)
(nh
)
]
b[cr(scn)
(nh
)
]↓ ＋ nh
2b[cr(scn)
(nh
)
] ＋ ag
so
2ag[cr(scn)
(nh
)
]↓＋b
so
b
so
＋ bacl
2bcl ＋ baso
↓b
＝季銨生物鹼陽離子也可將生物鹼雷氏鹽丙酮液通過氯離子型陰離子交換樹脂柱，直接得到生物鹼的鹽酸鹽。
r
cl
＋ b
[cr(scn)
(nh
)
]
r
[cr(scn)
(nh
)
]
＋ b
cl
rcl＝氯離子型陰離子交換樹脂
如用磷鎢酸、矽鎢酸作沉澱劑時，所得的生物鹼複合物沉澱用氫氧化鋇或氫氧化鈣分解。如用重金屬鹽作沉澱劑，則所得的生物鹼沉澱物可通硫化氫氣體分解。
·溶劑法
水溶性生物鹼可溶於與水不相混溶的極性有機溶劑，可用這些溶劑從水中將水溶性生物鹼萃取出來。
·離子交換樹脂法
用陽離子交換樹脂，用鹼水洗脫得游離鹼、用酸水洗脫得生物鹼鹽。