·利用生物鹼鹼性的差異進行分離
即在不同ph條件下進行分離——ph梯度法，有兩種操作：
1. 方法1
總生物鹼 / 酸水溶解
│
│用鹼調節ph由低到高
│每調一次用氯仿萃取一次
┌────┬───┴───┬─────┐
↓↓ ↓ ↓
氯仿液 氯仿液 氯仿液 氯仿液
ph值： 低 ─────────────────→ 高
得到的生物鹼鹼度： 弱 ─────────────────→ 強
2. 方法2
總生物鹼 / 氯仿溶解
│
│用不同ph緩衝酸溶液依次萃取
┌────┬───┴───┬─────┐
↓↓ ↓ ↓
緩衝液緩衝液 緩衝液 緩衝液
ph值： 高 ─────────────────→ 低
得到的生物鹼鹼度： 強 ─────────────────→ 弱
得到的緩衝液加鹼鹼化，用有機溶劑萃取，回收溶劑，即得到不同鹼度的生物鹼。採用ph梯度法分離前，通常先用多緩衝紙色譜法對總鹼中各生物鹼的鹼度強弱作初步了解，據此調節ph值。
·利用生物鹼或生物鹼鹽溶解度的差異進行分離
生物鹼以及生物鹼鹽在不同溶液的溶解度可能存在明顯的差異，可用於分離。
如：氧化苦參鹼是苦參鹼的氮氧化物，極性稍大，不溶於乙醚。而苦參鹼溶於乙醚，於兩者的氯仿液中加入乙醚，氧化苦參鹼即可析出。
如：麻黃鹼草酸鹽在水中的溶解度比偽麻黃鹼草酸鹽的溶解度小，可以自水溶液中先行析出。
· 利用生物鹼特殊功能基不同進行分離
┌ 有無酚羥基——利用酚羥基可溶於naoh溶液，用naoh溶液處理與無酚羥基者分離。
│
例如 ┤ 有無內酯或內醯胺結構——利用內酯、內醯胺在苛性鹼溶液中加熱可開環生成溶於水
│ 的羧酸鹽，與無內酯、內醯胺結構的生物鹼分離。
│
└ 製備功能基衍生物——利用仲胺可與亞硝酸生成亞硝基衍生物，或與氯乙醯或氯甲酸
乙酯生成相應的酯等，與叔胺分離。
· 利用色譜法進行分離
利用色譜法可以得到生物鹼單體純品。
┌ 吸附色譜法┌ 氧化鋁
│ │
多用 ┤ 反相色譜法 吸附劑 ┤ 矽膠
│ │
└ 分配色譜法 └ 纖維素
┌吸附色譜法可用苯、氯仿、乙醚等有機溶劑。
洗脫劑┤
└分配色譜法可用緩衝液飽和的有機液。