國內外許多研究表明，企業的各種戰略，包括智慧財產權戰略等，都決定著組織結構，合適的組織結構會促進其智慧財產權戰略的實現。因此，企業戰略的變化必然需要其組織結構進行適當的調整。跨國公司不同發展階段的智慧財產權戰略和商業活動必然要求設計與其戰略相匹配的組織結構。
跨國公司在設計其組織模式時需要考慮許多影響因素，如企業智慧財產權戰略、專利技術發展、企業生命周期、環境因素、企業規模和組織與當地文化，還要考慮組織的管理傳統和歷史發展等。以美國、歐洲和日本的跨國公司為例，其組織模式由於管理傳統和歷史發展等因素影響呈現不同的特點。
歐洲跨國公司的分散聯合體。歐洲的公司在進行早期推行其國際化戰略時發現，它們的目標市場所在國的當地政府往往迫於某種壓力，對跨國公司採取高關稅和歧視性法律等保護國內市場。為了改變這種不利情況，跨國公司往往會在當地建廠，授予當地子公司很大的自主權力，並依靠當地的子公司改進產品和市場行銷手段，滿足當地市場的需求。這樣最終形成了一種由獨立的地方子公司組成的鬆散聯合體，各個子公司主要關注它們各自的地方市場。
美國跨國公司的協調聯合體。美國公司在國際化過程中採取了不同於歐洲跨國公司的組織模式。由於大多數美國公司的管理傾向分權，同時通過複雜的管理體系和專家進行整體控制，並由公司總部控制企業的經營信息，因此企業的高級管理層可以控制這些自由經營的獨立子公司並指引它們發展的方向。同時，儘管國外的子公司常常自由地改進產品和戰略來反映市場差異，但是它們對母公司新產品、程式和思想等的依賴決定了它們比分散聯合體更容易受到總部的協調和控制，這就產生了美國式的協調聯合體。
日本的集中管理模式。日本公司在20世紀70年代進行國際擴張時，採取了不在歐美競爭對手具有優勢的市場上進行競爭的策略。它們主要通過其所擁有的全新、高效和規模密集的工廠，利用成本優勢和質量保證，並對產品開發、採購和製造實行嚴格的集中決策和控制等措施開拓國際市場。正是在這種背景下，日本公司傾向於選擇集中管理的組織模式。
通過對以上幾種組織模式的比較分析可以發現，全球產品結構的主要好處是效率的提高，而全球地區結構的主要好處則是更及時地對本地市場做出反應。但是，當跨國公司要求各地單位必須具有對當地市場的敏銳反應能力和有效利用全球規模經濟的能力以及較強的全球學習能力時，傳統的國際事業部結構和全球功能性結構則明顯不能滿足這一要求，因此一些企業嘗試採取一種新型的組織模式——跨國網路組織結構。如abb公司、聯合利華公司、寶潔公司和飛利浦公司等。網路組織是借用了神經生理學和計算機科學中網路的概念，它是基於it套用而發展起來的一種新型的組織形式。目前的學術文獻對網路型組織並沒有明確和統一的定義，但筆者認為網路組織是一個以it為工作平台，以企業與社會組織之間以及企業內部各功能單元之間的跨邊界資源整合過程中所形成的各種經濟性聯接為紐帶，由活性結點網路連結而構成的協作系統。而跨國網路組織則是跨國公司內外部各單位之間基於某種機制形成的網路型組織。它在全球範圍內把企業分為許多不同類型的中心或經營單位，以自由市場模式替代傳統的縱向層級組織，按照“彈性集中化”原則運作。
如上述，企業在國際化過程中可以採用的基本組織結構主要有多國母子公司結構（出口部或國際事業部）、全球功能結構（全球地區結構、全球產品結構、全球矩陣結構）和跨國網路結構等組織模式，並且，這幾種組織結構各有不同的特點和適用條件。
跨國公司的各種組織模式各有利弊，也各有不同的適用條件和範圍，企業在設計其組織結構中需要綜合考慮各種影響因素。一般來講，多國母子結構比較適合於國際化經營的初期對全球戰略和當地戰略的強調都不高時；全球地區結構能夠有效滿足“思維全球化，行動當地化”戰略的要求；全球產品結構具有更強的全球視野；全球矩陣結構主要是一種過渡結構，在企業實踐中效果並不理想；結合信息技術和知識管理的發展，企業對全球戰略和當地戰略要求都很高時，跨國網路結構往往成為了理想選擇。跨國網路組織具有更強的靈活性、適應性和競爭力，它同時也代表著跨國公司組織設計的未來發展方向。