內部控制制度是管理部門為實現內部控制目標而制定和建立的一系列政策和程式。健全的內部控制制度在協助審計部門高效運行的同時，還可以降低審計風險。審計人員通過並依靠這樣的制度，可以減少對特定目的財務報表發表意見所需的證據量。但審計人員應保持應有的職業謹慎，對擬信賴的內部控制制度進行符合性測試，併合理運用專業判斷，使審計風險最大限度地降低。來源：
一、審計人員應有效計畫、審查併合理評價內部控制程式，同時對未能發現可能存在的內控重大缺陷導致財務報表失實承擔責任。對於已經建立起來的內部控制秩序，如果負責執行程式的人員不理解如何執行或沒有認識到嚴格執行這些程式的重要性，都可能會使這些程式失效。因此，對內部控制程式實施測試非常必要。但在測試過程中，如果審計人員對某些應該考慮的因素未能考慮周全，從而使得內控中存有的較大缺陷未被發現，造成財務報表失真，審計人員應負有責任。
二、由於固有限制，審計人員不可能對被審單位的內控制度全面了解，因此，應對內部控制合理確信。由於內部控制受到許多固有限制，審計人員應保持應有的職業謹慎，充分關注這些固有限制，從而對內部控制合理確信。例如：內部控制的設計和運行受制於成本與效益原則，即如果某些控制程式所需的費用超過了要防止的錯誤本身所造成的損失，則這些控制程式將會被管理者放棄；內部控制一般僅針對常規業務活動而設計，如果發生未預料事項或不常發生事項，則會出現內控系統不適應；內部控制可能因為有關人員串通舞弊，或管理人員濫用職權而失效等等，對此均需重視。
三、審計人員應充分了解控制環境──包括管理者的觀念、方式和風格；項目主要人員的品行和能力；組織結構和權利；責任的劃分方式等，並將注意力集中在那些對整體審計目標有影響的因素上。同時考慮控制程式的適當性，即如果正確使用這些程式，能否形成一個有效的制度來支持管理部門達到其財務管理目標。
四、對內部控制評價應不超越審計能力範圍。審計人員在對內部控制作評價時，應當限制在審計能力達到的範圍內，即主要評價財務管理制度中與審計目標、項目業務的記錄處理匯總、財務報告信息等有關的事項。具體說要對是否確保資產不被未授權單位使用或處置進行評價；要對是否確保業務活動按照管理授權、貸款協定條款和有關採購指南執行進行評價；要對是否恰當記錄、處理和匯總業務進行評價，而對其他政策和程式，如果與審計人員的審計程式有關，應予以考慮，但不宜作出評價。
五、若審計人員認定項目或執行單位管理部門內控存在問題，導致財務報表重大誤報，應分別情況，防範審計風險。當審計人員認為重大失誤可能發生時，審計人員應注意：（1）立即告知被審計單位其存在的偏離和損害內部控制的情況，以便建立起適當的控制；（2）如果被審計單位不能或不願採取令人滿意的行動，則在審計計畫中需改變實質性測試的範圍，以提供充分的審計保證；（3）如果偏離或損害內部控制的影響不能被適當的實質性測試所解決，那么可考慮出具有保留意見或放棄發表意見的審計報告。