一、內部審計的主要職能從查錯防弊向為內部管理服務方面轉變來源：
目前，我國內部審計人員往往將大部分精力投入到財務數據的真實性、合法性的查證及生產經營的監督上，審計的主要職能就是查措防弊而不是對企業管理作出分析、評價和提出管理建議，審計的對象主要是會計報表、賬本、憑證及相關資料，其主要工作都集中在財務領域而未深入到管理和經營領域。例如，當對某一銷售收入進行審計時，往往審核其契約金額與客戶付款金額是否相同，所付票據是否齊全，而不管其價格是否合理，認為那是經營部門的事，與財務無關；再如對投資項目的審計中，往往審核投資協定是否完整，企業是否根據投資比例在相應的會計期間對被投資單位的投資收益按照權益法或成本法進行了正確的核算，至於是否應該投資，投資回報率是否合理，合作對象選擇是否恰當，是否有更好的選擇方案，一般不去深入分析。事實上企業中真正存在的問題甚至是舞弊行為往往在這些過程中。再如對審計項目立項時，往往按財務收支審計、離任經濟責任審計、經濟效益審計等常規項目立項，幾乎沒有專門為測試和評價內部控制制度進行立項，只是在查賬過程中去發現一些內控存在的問題，因此，對企業總體的內部控制制度不能進行系統和權威的評價，也就無法發現和客觀評價企業的潛在風險，進而無法對管理當局提出實質性和預防性的管理建議。
隨著現代企業制度的建立，外部制約機制的加強，內部管理水平的提高，會計電算化的普及，賬務表面的錯弊會越來越少，內審的職能也必需從傳統的“查錯防弊”轉向為內部管理服務，內部審計的重點也應從內部檢查和監督向內部分析和評價方面轉變。內審也不可能只局限於財務領域，它將擴展到企業經營和管理的各個領域。
二、內部審計機構的設定和定位應從平行於各職能部門的單一機構向更高層次、更完善的結構轉變
目前我國企業的監督機構大部分只設有內部審計部門，而且基本都處於與其他職能部門平行的地位，有些中小企業甚至還沒有獨立的內審部門，這樣就無法保證內部審計的獨立性和權威性。在實際工作中，由於這樣的設定，內審機構一般不對同處一級的總公司財務部門及其他經營管理部門進行審計，只審計二級企業；即便對總公司財務部門進行審計，通常也難以取得滿意的效果。
隨著企業制度的規範，公司治理結構的建立，規模較大的企業集團組織機構都將按照現代企業制度設立，即應在股東大會、董事會和總經理之下分別設立監事會、審計委員會及審計部，三者之間由上而下存在業務指導關係，審計部的設定應高於其他各職能部門，在業務上向審計委員會負責並向其報告工作，在行政上向總經理負責並向其報告工作。對於規模較小、不設審計委員會的企業，審計部應對董事會負責，並在業務上接受監事會的指導。這種雙重負責的組織形式有利於內審作用的充分發揮。
三、內審隊伍的構成應從單純的財務人員向具有綜合知識和能力的多元化高素質人才的組織結構發展
隨著內部審計由財務領域向經營和管理領域擴展，審計機構在人員構成上也應該是多元化的，不僅要有懂財務及審計的人才，還應配備精通企業各項相關業務的專門人才，選擇有豐富經驗和較高業務水平的人員加入內審部門，使內審機構在現代企業制度下發揮更大的作用。
四、內部審計的實施方式應從單一靠內審機構人員的力量向與外審相結合的方向發展
內審工作可分為兩部分，一是對財務數據真實性、合法性的審計，二是對企業經營和管理的分析和評階。對於第一部分，可由內審人員根據不同類型項目的不同審計目的，對會計師事務所提出每一項目的具體要求，委託事務所按照內審目的進行審計，從而保證會計信息的真實、合法和完整。內審人員由於對本公司的情況熟悉，應將工作重點放在對企業經營管理及公司業務過程的分析和評價上，並對整個審計工作全過程進行參與和監督。內外審的有機結合，既可解決內審機構人手少而任務重的矛盾，又有助於提高內審的效率與質量。
五、內審從事後審計逐步向事前及事中審計轉變
目前我們的內部審計都是事後審計，主要起監督作用。隨著管理水平的提高，內審的作用將不僅限於事後監督，更多的是事前預防與事中控制，它將對企業內部控制進行全過程、全方位的監督和評價。企業的採購計畫、生產計畫、銷售計畫、資金計畫、投資計畫及費用預算等均應做到事前審核、事中控制。經驗豐富的內審人員，應能及時發現各個環節存在的問題，把企業的風險降到最低程度。
六、內審工作應由分散管理向行業管理轉變
目前，各單位內審機構的設定，內審人員的配備，內審程式的建立，內審標準的制定及內審質量的監督等均無統一的管理，不利於內審作用的發揮和內審工作的開展。隨著現代企業制度的建立，內部審計的不斷發展，必須設立全民性的中國內部審計師協會，地方、行業設立地方、行業內部審計師協會，對內部審計機構和內部審計人員進行行業自律管理，指導和監督內部審計工作的開展。