礦物質(包括微量元素)之間及與其他營養素之間的關係錯綜複雜，十分微妙，在特定條件下既有協調關係又有制約關係，甚至還有拮抗系。
例如，鈣和磷共同構成牙齒和骨骼，但鈣磷比例必須適當，如果磷過多，會妨礙鈣的吸收。血液內鈣、鎂、鉀、鈉等離子的濃度必須保持適當比例，才能維持神經肌肉的正常興奮性。膳食鈣過高會妨礙鐵和鋅的吸收，鋅攝人過多又會抑制鐵的利用。
硒對氟有拮抗作用，大劑量硒可降低氟骨症病人骨骼中的氟含量。硒和維生素E互相配合，可抑制脂質過氧化物的產生。
蛋白質對微量元素在體內的運輸有很大作用，例如，銅的運輸靠銅藍蛋白，鐵的運輸靠運鐵蛋白。鋅參與蛋白質合成，鋅缺乏影響兒童生長發育。碘是甲狀腺素的組成成分，而甲狀腺素是調節人體能量代謝的重要激素，對蛋白質、脂肪和碳水化合物的代謝有促進作用。