和帝水元元年(89年)九月，皇帝下詔，命中郎將持節到五原任命竇憲為大將軍，並封其爵為武陽侯，食邑二萬戶。竇憲堅決辭去封爵。過去大將軍的官位在三公之下，按太尉標準設定官屬。此時，竇憲權震朝廷，公卿們迎和旨意，奏請朝廷，使竇憲位在三公之上，太傅之下，同時，也提高了他設定官屬的檔次。竇憲率軍回京師。朝廷大開倉府，犒勞賞賜將士，隨竇憲出征的各郡二千石長官的子弟，都升任太子舍人。
當時，竇憲兄弟，竇篤為衛尉，竇景、竇瑰都任侍中、奉車、駙馬都尉。於是，兄弟四人大修宅第，爭競豪奢，窮極工巧。
永元二年(90年)六月，朝廷下詔封竇氏四兄弟侯爵。只有竇憲拒不受封。七月，將兵出鎮涼州(治所在今甘肅秦安縣東北)，鄧疊任其副將。
北單于因為漢王朝遣還他的弟弟，又派車諧儲王等人居延塞見竇憲，請求向漢稱臣，並想入京朝見。竇憲上表請示後，派班固、梁諷前往迎接。這時，南單于上書漢廷，建議乘機消滅北單于，然後，南北匈奴合併歸漢。漢廷同意，於是，南單于大敗北單于，北單于受重傷逃走。班固等人走到私渠海，轉頭返回。竇憲認為北單于勢力微弱，想乘機將其徹底消滅，於是在永元三年(91年)，派右校尉耿夔、司馬任尚、趙博等率兵出居延塞，在金微山大破北單于，斬首五千餘級，北單于遁逃，不知去向，其國遂亡。
竇憲平定匈奴，威名大盛。於是以耿夔、任尚為爪牙，以鄧疊、郭璜為心腹，以班固、傅毅皆置幕府，以典文章，把攬朝政，占據要津。一時刺史、守令等官員多出其門。尚書僕射郅壽、樂恢因為違忤竇憲之意，相繼自殺。朝臣震懾，望風承旨。竇篤進位特進，竇景為執金吾，竇瑰為光祿卿，兄弟當朝，貴重顯赫，傾動京都。而竇景尤為驕縱，妓客也依仗勢力，為非作歹。他們侵凌平民，強奪財貨，篡取罪人，搶掠婦女。搞得京都商賈閉塞，如避寇讎。而主管官吏，噤若寒蟬，忍氣吞聲，不敢舉奏。司徒袁安見天子年幼，外戚專權，深為憂慮，言及國家大事，往往嗚咽流淚。無奈當時竇氏勢力太大，父子兄弟並居高位，充滿朝廷。除上面提到的之外，尚有竇憲的叔父竇霸為城門校尉，竇褒為將作大匠，竇嘉為少尉，任侍中、將、大夫、郎吏等職的，還有十餘人。
竇憲以為有大功於漢，愈加跋扈恣肆。永元四年(92年)他的黨羽鄧疊、鄧磊、郭舉、郭璜也互相勾結，有的還出入後宮，得幸太后，於是欲謀叛逆。
和帝得知了他們的陰謀，但無法與外臣接觸。素知中常侍鉤盾令鄭眾，謹敏而有心機，不事豪黨，於是便招來鄭眾，定計除滅叛黨。考慮到竇憲駐紮在外，怕他興兵為亂，謀定後忍而未發。適逢竇憲和鄧疊班師回京，和帝大喜，下詔讓大鴻臚持節到郊外迎接，並按等級賞賜軍中將士，以安其心。竇憲進城之後，和帝親臨北宮，命將屯衛南、北宮，關閉城門，逮捕了鄧疊、鄧磊、郭舉、郭璜，下獄誅死。並派人收回竇憲的大將軍印綬，更封為冠軍侯，讓他和竇篤、竇景、竇瑰都回封地去。竇憲、竇篤、竇景到封地後，都被迫令自殺。永元十年(98)，竇瑰也被梁棠所逼自殺。
點評：衛青、霍去病資強漢之眾，連年以事匈奴，國秏太半矣，而猾虜未之勝，後世猶傳其良將，豈非以身名自終邪！竇憲率羌胡邊雜之師，一舉而空朔庭，至乃追奔稽 落之表，飲馬比鞮之曲，銘石負鼎，薦告清廟。列其功庸，兼茂於前多矣，而後世莫稱 者，章末釁以降其實也。是以下流，君子所甚惡焉。夫二三子得之不過房幄之 閒，非復搜揚仄陋，選舉而登也。當青病奴僕之時，竇將軍念咎之日，乃庸力之不暇，思鳴之無晨，何意裂膏腴，享崇號乎？東方朔稱“用之則為虎，不用則為鼠”，信矣。以此言之，士有懷琬琰以就煨塵者，亦何可支哉！(《後漢書·竇憲列傳》)