處於寺院中軸線末端的萬佛閣，是報恩寺最高、面積最大的一座建築。閣高24米，總面積572.5平方米。平面呈回字形，為30柱5開間三檐四滴水樓閣式建築。裝飾華麗，雄偉壯觀，在建築學、力學、工藝學及抗震等方面都達到了驚人的水平，是集建築、雕刻、泥塑、壁畫藝術為一體的藝術之宮。
進入閣內底層，迎面是一座長長的佛壇。正中彩塑如來佛講經說法佛像一尊，佛像、蓮台通高5.5米，左右兩側又塑“十大高僧”立像，像高3米。他們凝神靜聽，若思若慮，表情多端，容貌各異殿中佛壇前面尊官人塑像，為修建報恩寺的主人王璽、王鑑父子之像。他們左右侍立，恭聽講經說法，神情十分虔誠。
殿內佛壇前這座石雕圓香爐，是報恩寺各殿石雕香爐的代表，是精品中的精品。香爐通高1.8米，共分6層，上面刻有手持各種樂器的樂伎，千層百瓣的奇花異草，活蹦亂跳的群獅，還有張牙舞爪的雲龍，真是活靈活現，栩栩如生，整個香爐造型新穎，玲瓏剔透，精巧別致。
閣內樓上樓下的壁畫，滿繪壁畫，面積達328平方米。畫面內容為“護法圖”，人物高達3米。有神情溫肅的“帝君”，也有凝目欲語的“玉女”，還有張口怒目，威武雄壯的“金剛力士”。各種人物高低錯落，左顧右盼，周圍再襯以雲天縹緲的背景。顏料以朱紅色為主，服飾間描以金線，色澤鮮艷，內容豐富，為明代壁畫遺產中不可多得的精品。
樓上有楠木整雕而成的7座佛像，佛經上稱為“七佛”。分別是毗婆尸佛、尸棄佛、毗合婆佛、拘樓孫佛、拘那舍佛、迦葉佛和釋迦牟尼佛。樓座四周設定迴廊，遊人可以憑欄遠眺，盡情欣賞古寺佳景和小城風光
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