另據《延安府志》載，早在宋代州人應有賞牡丹的愛好，可查的觀花史已有上千年，民間傳說時間更早。從明朝弘治年（1497年）延安知府李延壽的石碑引言中可推算到六朝時期，萬花山就有牡丹，解放前農曆四月初八，萬花山有廟會是專門觀賞牡丹花。牡丹主要頒布於萬花山東坡上，約5萬餘株，三百多畝，二十多個品種，每年農曆四月八前後盛開，小滿後凋謝，花期月余，花色分紅、紫、黃、白、粉、綠六大色系單瓣多，復瓣較少。花型分單瓣型，托桂型，皇冠型三大花型。近年來發現有黑色珍貴牡丹出現，更是王中王，國色天香，傾國傾城。
萬花山牡丹因其生長在黃土高原上，所以在這種生態環境中長期生存進行著系統發育，年深月久便形成了“性宜冷畏熱，喜燥惡溫”的生態習性，由於它的立地條件乾旱少雨，年生長量也很少，因而形成了矮小灌木。高不過1米，由於自然雜交有時一株花上還能競放數種花色，花盞艷麗，芳姿可人。
崔府君廟
在萬花山的東坡上，有一院小小的廟宇，建於何朝何代已無法考證。僅據明朝弘治年間延州知府李延壽鐫碑稱，他於丁已年（1497年）游萬花山時，已有此廟。廟院內有柏樹兩棵，牡丹花兩蓬，形成一幅對稱圖案。李延壽游牡丹山題詩兩首原碑立於兩側，因年代已久字跡剝落，又於東側依原樣新鐫刻石碑一通，上刻游詩二首：
其一：勸巡行到牡丹山，其二：一株豪壘人爭賞，
花發偏宜雨後看。 守似延安花滿山。
萬朵鮮榮無異種， 遠近隨風香馥郁，
一樽噙賞有同官。 高低迎日錦爛班。
清香動處風初紅， 好呈雨露時滋息，
烏帽簪來露未乾。 莫遣兒童浪折攀。
自是天然真富貴， 只恐和根移上苑，
何須白寶巧為欄。 追陪黃紫近天顏。
這兩首詩供遊人吟賞。兩孔窯洞的牆壁上一間彩繪唐代大詩人杜甫的萬花山之行。遠在唐代“安史之亂”期間，詩人杜甫，從鹿 州（富縣）羌村北上赴靈武，曾途徑來到萬花山。《杜甫年譜》中記載八月洪水已退，便離羌村隻身北上延州，暫住於城南七里之小河（又名南河）小河支流源於牡丹山，同產牡丹甚多，樵者以之為薪。南河又名牡丹川，宋時又名杜甫川，以“甫避亂居此”故名。
另一間彩繪四姐下凡種牡丹的神話傳說：
相傳王母娘娘的女兒四姐在天庭的時候就知道花源頭村一位誠實、心眼好的靠賣柴為生的後生“名崔文瑞，便故意從雲霄中丟下自己的金簪試驗崔文瑞，通過假裝尋金簪，她從心底愛上了崔文瑞，於是便私自下凡與崔文瑞結為夫妻，把從天上帶來的牡丹花種種在萬花山。”四姐私自下凡的事後來還是被王母娘娘知道了，尤其是四姐偷牡丹種更惹這位天上的統治者生氣，象抓她私自下凡嫁給孝子董永的小女兒七仙女一樣，也殘忍地抓走四姐，拆散了這對恩愛夫妻。四姐雖然被抓上天，可她種的牡丹卻永遠留在萬花山。這樣萬花山就成了牡丹的家鄉，一年又一年繁衍一直生長到現在。為紀念崔文瑞和四姐，後人在萬花山建了此廟，起名“崔府君廟”。
毛主席觀花台
一九三九年五月的一天上午，毛澤東、周恩來、朱德、董必武、林伯渠、任弼時等中央領導同志前往萬花山觀賞牡丹，因當時路不好走，領導們坐車十里，騎馬十里，步行十里來到花源頭村，不顧疲勞，興致勃勃地登上萬花山，在山上詳細觀賞了古代修建的廟宇，聽當地老鄉講述了巾幗英雄花木蘭的故事和四姐下凡與崔文瑞結成恩愛夫妻的神話故事，並訪問了當地農民的生活和生產情況，休息時，主席提出“這是我們民族的財富，我們一定管好他，待到全國解放後，我們可以在這裡修建公園、療養院作為勞動人民休息、遊玩、娛樂的場所”。一九四零年五月十日，毛澤東同周恩來、朱德等領導二次重返萬花山觀賞了牡丹的生長情況。中央領導同志勉勵老鄉們努力生產多打糧食，支援前線。下午村幹部將中央領導送至觀音橋，依依不捨地和中央領導同志握手告別。
五 龍 柏
位於牡丹山山頂，為五株同根，連體而生的一棵古柏，高達三丈之餘，考其年齡，少說也有五六百年了。
相傳，此柏乃一神物，方園數里的鄉民，皆以此柏來觀察天氣，預測風雲。此柏只要發出奇響，天氣即變，雷雨必將來臨，即刻樹冠舞，枝葉紛靡，樹權相撞，聲同裂帛，狂然不息。暴雨過後，它便無聲無息，輕輕地擺動著細枝綠葉，向人們點頭微笑。
跑 馬 梁
位於萬花山最高處，實際上是一塊小高原，地勢較平，因花木蘭在這裡跑馬習武，風雨無阻，一年又一年，久而久之，跑馬競將這裡踩成一個平坦的大山樑，遊客在觀賞五龍柏後，猶興未盡，還要到跑馬梁一試體力。