但是農村醫療衛生、農民健康面臨很大的挑戰，“看病貴、看病難”問題在農村尤為突出，“因病致貧、因病返貧”現象也更多發生在農村，這些情況在上世紀90年代末至本世紀初體現得最為明顯，其主要原因有以下幾個方面。
(1) 政府對農村醫療衛生投入不足。農村衛生總費用中政府、社會和個人投入的比重在1991年至XX年間的結構發生了顯著變化，政府農村衛生投入比重由12.54%下降至6.59%，社會衛生投入由6.73%降至3.26%。政府對衛生投入下降的直接後果：一是農民個人醫療負擔的增加，同期，農民個人直接支付費用從80.73%上升到90.15%;二是農村公共衛生的削弱。政府撥款主要用於醫療，而公共衛生相對較少，對農村的就更少。在政府公共衛生支出的構成中，人員經費呈逐年上漲的趨勢，而業務和公務費、公共衛生項目補助呈逐年減少的趨勢，很多公共衛生機構只能通過有償服務進行創收。
(2) 缺乏醫療保障的農民在醫療費用居高不下的情況下，醫療服務可及性下降。合作醫療紛紛解體後，絕大多數地區農民沒有任何醫療保障。根據三次全國衛生服務調查的數據，絕大部分農村居民自費承擔醫療費用(1993年84.1%，1998年87.3%，XX年79%)，XX年新型農村合作醫療在全國全面推廣之後，合作醫療的覆蓋率上升，更多的農村居民具有了一定的醫療保障，在一定程度上緩解了農民的醫療負擔，但是和農村居民的醫療需求相比還有很大的差距。隨著收入的增加，農民的醫療保健支出也不斷上升，其增長速度超出收入的增長速度很多。農民醫療保健支出占收入的比重和占消費支出的比重也都逐年上升。上世紀90年代末，農民收入增長緩慢，而醫療費用快速上漲，全國衛生服務調查顯示，1993年、1998年、XX年的農村平均門診費用分別為22元、25元和50元，平均住院費用分別為541元、837元和1455元(均為可比價格)。
研究表明，由於缺乏醫療保障，開發中國家的醫療價格格外重要，醫療服務價格的上升會降低醫療衛生服務的可及性，尤其是對貧困人群，最終會影響健康狀況。醫療費用上升情況下，農民直接支付費用方式導致農村居民醫療服務的可及性降低。第三次國家衛生服務調查結果顯示，農村中應住院而沒有住院的占30.3%，其中70%是由於經濟困難;應就診而未就診的比例為45.8%，其中38.2%是由於經濟困難。農民未就診率、未住院率呈逐步上升趨勢。收入越低的農民，未就診率和未住院率的比例越高。
(3) 三級醫療轉診體系的打破，導致有限的農村醫療資源效率不高，進一步扭曲農村醫療機構的行為。在過去的20多年裡，中國原有的農村三級醫療轉診體系被逐步打破。雖然農村衛生服務供給規模仍在增加，但效率低下。一方面，更多的患者集中到縣及縣以上醫院，使得這些醫療機構人滿為患，而鄉鎮衛生院和村衛生室所提供的醫療服務不斷下降。另一方面，農村醫療機構病源下降，發展受到限制，進一步加強了患者去大醫院就診的傾向，從而增加了農民的醫療負擔。農村衛生技術人員所占的比重不斷下降，從建國初的近70%下降到XX年的不足40%，縣及縣以上醫院的床位數歷年一直在增加，而鄉鎮衛生院的床位數自80年代以來沒有明顯的增加。80年代初，衛生院還承擔很多的醫療服務，但是到了80年代中期，縣及縣以上醫院所承擔的醫療服務超過了衛生院，此後，衛生院的診療人次逐年下降，相關研究表明，鄉鎮衛生院服務的利用率較低，接近70%的鄉鎮衛生院出現虧損或接近虧損的邊緣。