政府投入的不足，醫療條件和醫療人才的缺乏，使得鄉鎮衛生院的業務收入只能以賣藥為主，有研究表明鄉鎮衛生院藥品收入占收入的比重一般在70%—80%，而就診患者的減少，使得鄉鎮衛生院只能通過不規範的行為從為數不多的患者那裡獲得收入，如一些鄉鎮衛生院不是定位在提供更符合當地農民需求的基本醫療服務和護理，而是定位於提供利潤高的新項目、建立特色專科以增加收入，有條件的就競相引進高科技、高費用的檢查設備吸引患者就醫，這進一步破壞了原有三級網路的功能，導致更多不必要的醫療費用。
近幾年，尤其是XX年“非典”之後，隨著政府對農村發展以及對醫療衛生建設的重視，情況有所好轉，但解決農村醫療衛生問題仍有很長的路，而且隨著中國社會和經濟的發展，農村醫療衛生還面臨一些新的挑戰。
一是農村經濟發展所帶來的一些新情況的影響。例如農村人口流動性增加，愛滋病、非典、人禽流感等新發傳染病等使農村公共衛生問題更為嚴重。進城農民工的健康狀況基本沒有保障，一旦有病一般只能回到農村。再如交通、生產事故導致的意外傷亡的增加也增加了農民的醫療負擔，同時也對醫療衛生體系，尤其是急救體系提出了新的要求。又如由於迷信的復燃、家庭空巢、文化生活缺乏等原因造成的精神健康方面的問題也日益突出，如何促進農民的精神健康，不僅是農村醫療衛生的工作和面臨的挑戰，也是農村精神文明建設的重要任務。
二是人口老齡化、疾病模式轉變等人口特徵變化帶來的影響。中國已經開始步入老齡化時代，農村老齡人口比重不斷上升;同時，隨著產業結構的調整，身體健康的青壯年農村人口進城務工，留在農村的更多是需要醫療保健服務比較多的老年人口。農村人口疾病模式變化的重要特點是55%—60%的死亡和疾病原因從傳染性、感染性疾病向慢性病的模式轉變。與此同時，由於農村居民生活環境、勞動環境和生活習慣的變化，惡性腫瘤、心腦血管病、糖尿病等嚴重疾病的患病人數在農村也不斷增加，成為威脅農民健康的主要病種。老齡人口、慢性病患者和重大疾病患者是農村最需要醫療保健服務的人群，這部分人口的增加會對農村醫療保障帶來財務上的巨大挑戰。
二.醫療衛生應是社會主義新農村建設的重要內容
XX年一號檔案提出社會主義新農村建設，並在“xx”規劃中將建設社會主義新農村作為重要目標，這給農村醫療衛生髮展創造了良好的政策環境。
醫療衛生應該也是社會主義新農村建設的重要方面。首先，投資醫療衛生，投資健康也就投資了人力資本。健康是人力資本的一個組成部分，是經濟發展的一個推動因素。中國經濟的發展很大程度上得益於我們健康的、廉價的、高質量的勞動力帶動了整個製造業的發展，但在這個過程中，污染了環境，破壞了生態，損害了老百姓的健康。在科學發展觀和構建和諧社會目標的指導下，應該更重視老百姓的健康，而不是簡單的經濟成長。況且中國經濟的可持續發展離不開一支健康的勞動力隊伍。其次，衛生投入，尤其是公共衛生和基礎醫療投入，也是基礎設施建設的重要內容。改水、改廁、垃圾處理、精神衛生促進等本身是公共衛生的範疇，做好這些工作也是“村容整潔”，“鄉風文明”的要求，農民健康狀況提高了，就能更好地參加勞動，“生產發展”才能成為現實，從而使得農民增加收入，“生活寬裕”。