水上交通指揮中心在水上安全實時監控、綜合調度、突發事件快速反應和信息發布等環節功不可沒，全省重點航道、碼頭已經建設了100多個視頻點。該系統改善了傳統的指揮、數據採集、監控手段，提高統計、報警準確度和出警效率，有效提高內河航道的通航效率，確保航行安全。通過利用視頻會議系統進行視頻會議或者多媒體遠程培訓，節約路程上浪費的時間、節約會議成本，用餐住宿等減輕各局處的會議、培訓成本的支出，節約了辦公時間。通過電子辦公手段，對辦公時限進行規定，對流轉進行監督，通過桌面提示和簡訊平台信息傳送提醒業務人員在有效時限內辦理。船舶動態監管系統，提高水網地區船舶通航管理；對非水網地區，特別是山區水庫航區，使管理人員足不出戶就可以巡查航道上船舶動態，監測某個航段航行船舶超載等違章情況，消除了人工巡航的盲區，對於及時發現事故、堵航預測，以及快速處理突發事件有重要作用。通過這一系統的套用，湖州地區目前已成功處理百餘次船舶擱淺、堵航疏航工作，並查處了嚴重超載的船舶。
隨著信息化系統的套用，其效益快速體現，如XX年水上交通指揮中心建立後，快速處置排除堵航隱患78起，查獲肇事船舶逃逸以及配合公安水警破案總計18起。水上交通安全形勢明顯好轉，各項指標比以前年度有大幅度下降。以嘉興為例，XX年嘉興轄區水上交通事故比上一年同期下降26.26，XX年又比XX年下降30.67，航區內堵航次數和堵航時間分別比上年同期下降了41和57，降低管理成本減少直接經濟損失近200萬元/年，減少直接管理成本402萬元/年，減少堵航次數產生的間接效益為1.8億/年。
4、加強套用開發，有利便民服務
推行行政許可管理系統，公開行業管理許可事項的審批程式、審批標準和審批結果，推行行政許可網上辦理，方便民眾，規範審批行為。建立和開發入口網站，通過整合系統資源，實現港航政務公開和外界互動聯繫，為港航信息的需求者（如：港航企業、駐港企業、貨主企業、船運代理公司、社會公眾等）提供一個集成化、個性化的信息平台，為廣大客戶和業務夥伴提供良好的服務。完善船舶登記管理系統和稽徵管理系統，著眼於“便民利民”，狠下功夫。各地市港航系統積極進取，紛紛推出新舉措。對船民發放的“電子身份證”實現了船舶電子檔案，建立了“一船一檔”動態信息，最大限度地保障他們安全行船、快速行船，減少水上事故隱患；改進稽徵管理系統，將最初收費管理中的銀行劃卡繳費轉變為代扣代繳模式，消除了船主攜大額現金往返也給船主在繳納港航規費領取繳費憑證帶來了極大的不便以及人身財產安全隱患，減低船戶繳納規費降低運輸生產成本和提高船舶周轉率（如以一艘海鹽港籍船舶在省內杭申線桐鄉段運營為例，實現港航規費銀行委託結算後可節約航程達40公里以上、時間半天），真正體現便民利民的理念，提高了基層管理的效率和準確性，基層所站視窗前原先長長的隊伍不見了，取而代之的是船民們微笑的面孔。同時建成多媒體航道信息led大螢幕，及時為船戶提供水運法規、航行警告、天氣預報和通航水位、貨源、貨運、船舶買賣等各類水運市場信息，也起到了航行警示宣傳作用。
建立“港航綜合監管系統”，把原有的運、養、管、收分別獨立管理互不協調的局面進行了徹底的整理，達到了信息的共享，同時打破“屬地管理“模式，創新和最佳化了內河港航管理就有的方式，降低了管理成本，底稿了管理與決策的水平。如，在稽徵方式上，採用“pos-mis繳費系統“，船戶告別了以往的現金繳費，採用就近任一管理所刷卡繳費形式，不僅安全方便，同時船戶即使在繳費期間還沒有拿到繳費憑據也一樣可以在航區暢通航行，並在方便的時間選擇任一方便的管理所領取發票即可。