第三，農民工子女教育問題也關係到我們國家城鄉分割的義務教育體制問題。儘管城鄉分割的義務教育體制在對農民的問題上存在著不公平現象，而且也需要在推進城鎮化過程中和實行農村稅費改革後逐步加以解決。但現實中，農民工子女離開了農村後，由於交納的教育統籌費用沒有根據民工的就業流向在地區間劃轉，而農民工就業所在地的城市財政體制在義務教育支出中並沒有包含農民工子女的教育經費，等於在我國目前的義務教育體制中出現了一個真空地帶，實際上的受害者就是這些在城市打工就業的農民的下一代。教育部副部長章新勝曾說，農民工子女教育屬於九年義務教育，享受義務教育的一系列扶持政策，這完全符合國務院辦公廳轉發的《關於進一步做好進城務工就業農民子女義務教育工作的意見》檔案精神。
那么，就上述體制矛盾上存在的問題如何解決，這不僅僅是教育部門的問題，也是全社會的問題。問題的關鍵是我們各級政府站在什麼樣的角度去認識農民工的子女教育問題，是否能夠從心理上把他們與城裡人公平對待，並逐步從體制環節上來解決這些現實的矛盾。如何妥善解決這些問題，我們有以下建議：
首先，均衡配置教育資源。要正確認識農民工也是城市財富的創造者，他們在無法享受城裡人各項公共福利的狀況下，以極低的成本為城市的企業提供了大量利潤，並創造了城市的稅收，同時還在很多方面承擔各種不公平的費用。因此城市政府有責任有義務來解決農民工的子女教育問題，這是政府對於作為納稅人之一的農民工的正常的服務。政府應著力解決導致教育領域受教育權利事實上不平等的體制性問題，取消二元戶籍制度所強加的受教育界限，取消教育贊助費等其他不合理的收費制度，保證流動勞動力子女的受教育權利，並為其提供公平的教育環境。注重義務教育公共投資的內部效益，必須建立嚴格的教師人力資源配置制度和合理的學校設定制度。
其次，是要正確認識我國的基本國情，我們是在以一部分農民不能享受正常的城鎮化進程的代價換取了近些年城市的快速發展。當我們看到農民工的子女大量失學，而在一部分城市卻盲目地提出教育已經現代化的口號，把大量投資用於提高城市教育的硬體設施，使城裡人的後代和農民的後代文化素質的差距日益擴大。這不僅不符合我國的現實國情，而且會拉大我國的城鄉差距，引發長期的社會矛盾。因此，應允許在城市裡專門解決農民工子女基本教育的民辦學校存在，不能以降低城市教育水準為藉口關閉這些學校，使大量農民工子女失學。對農民工子女應放寬就學準入，減少甚至取消部分入學就讀程式，暢通人員流通，尤其是加強民工子女教育引進的綠色通道，在民工子女的就學、就業等方面提供便利條件。消除體制障礙，改善地區、城鄉關係，進一步放寬農民工子女來杭就讀的準入條件，切實做好教育、社會保障等等方面的配套措施，為民工在城務工減少後顧之憂。
再次，消除偏見，提高農民工子女學校教師的福利水平，加強義務教育師資隊伍管理和建設，提高義務教育水平。不必擔心農民工大量的湧入城市，會帶來城市的不安定。因為根據近些年對農民工的調查跟蹤，農民工的流動就業行為是完全理性的，並非盲目的。因為農民工也需要就業的穩定，特別是攜帶子女的農民工家庭。如果沒有穩定的收入和就業條件，農民工很難選擇帶著妻子兒女飽受顛沛流離。他們在家鄉還有一塊土地作為他們永久的社會保障和滿足溫飽的收入條件。作為中國農民還有一個十分眷戀家園的傳統。從未來戶籍制度改革的方向上看，農民也應該享有這個國家文明和城市文明的正常權利，這是憲法賦予的權利。當然這是隨著城鎮化進程的推進逐步要解決的城鄉分割體制的根本矛盾，要有一個歷史過程。
最後，應加快我國現行的義務教育體制的改革，實行城鄉公平、地區公平的義務教育制度。義務教育首先具有“義務”性質，各級政府有責任和義務來普及和落實這項目標。推進義務教育是關乎國家和民族進步的基礎性、全局性和先導性的工作，各級政府應真正落實研究教育均衡發展問題，促進義務教育均衡發展，確保弱勢群體接受義務教育的權利。國家頒布的義務教育法的監督和實施，應是中央政府的事權職責，也就是應由中央政府來解決城鄉基本的義務教育經費支出，而不能實行兩種國民待遇。因此，應確定中央對於各級地方政府義務教育經費的支出，解決農民工子女的基本教育問題。在過渡期間，政府應對在城市內私立的農民工子女學校的辦學條件予以補貼，提供基本的場地，並嚴格監督不得亂收費，防止增加農民工的負擔。 流入地政府應有針對性地加強對農民工子女上學的補助政策。這種補助，一方面體現在對學生的補助，另一方面體現在對接納農民工子女入學的學校的資助。對農民工子女來說，可以以政府財政資助、補貼等形式加以資助，體現“以流入地政府為主”的精神，避免把農民工子女往民辦學校一推了之。而在我們的調查發現，45.83%的學校沒有設立關於農民工子女的助學金或補助，這是教育部門應當切實做好的一個重要部分。教育部政策與法制建設司副司長孫霄兵認為，農民工子女教育問題不僅僅是民辦教育問題。農民工子女受教育，要由流入地政府負責首要責任。政府要把這些子女安排到公辦學校當中，與本地學生一視同仁地接受教育。在政策運用上，當地政府要採取措施積極扶持農民工子女學校，使他們的辦學條件達到規定標準，而不能採取達不到標準便取消的方式。