第四，“一事一議”難執行，制約著村級組織興辦農村社會公益事業的能力。當前農村公益事業必須實行“一事一議”的辦法，但在實踐中“一事一議”效果很不理想。由於村級組織傳統管理約束手段削弱，部分農民責任義務觀念淡漠，一些村級事務和公益事業常常是大多數農民願意辦，因少數農民頂著不辦，村級組織無任何強制措施及制約辦法，幹部也無可奈何。據調查了解，我市從XX年以來沒有一個村上報“一事一議”籌資籌勞項目審批。目前多數村級黨組織在公益事業建設中對農民“呼喚”不靈，“事難議、議難決、決難行”現象時有發生。對此，村幹部憋氣、村民有怨氣，不盡義務的農民則越發“神氣”。如此一來，公益事業不好辦，村幹部的威信、村黨組織的凝聚力也因而驟減。
第五，農村黨員整體素質偏低，影響黨員隊伍的戰鬥力。問題表現在兩個方面：一方面黨員結構不合理，文化程度偏低、年齡老化，自身能力弱。我市10019名農村黨員中，高中及以上文化程度僅占25.3％，35歲以下的僅占15%，並且這部分黨員80%以上在外務工經商。另一方面黨員先鋒模範作用發揮不明顯。部分黨員自身素質不高，不僅難以帶領民眾發展經濟，自己還需別人扶持。部分黨員宗旨觀念淡薄，理想信念動搖，混同於普通民眾，甚至不如普通民眾，在村級事務中起負面影響。部分黨組織負責人奉行好人主義，對不合格黨員以不傷害感情為標準，以不違法為底線，聽之任之，致使黨員隊伍的先進性退化，難以發揮村支部的戰鬥堡壘作用。
第六，農村黨組織設定模式化與農村經濟組織形式多元化不相適應。隨著農村經濟的快速發展和農業產業化進程的不斷加快，農村各種形式的生產聯合和經營聯合，催生了諸如農村專業協會等新型農村經濟組織，農村黨員從業的流動性和多樣性日益增強，對農村基層黨組織設定形式提出了新的要求；農村小城鎮建設、農業生產專業化步伐加快，也急需對原有黨組織的設定進行調整和改進，否則，可能出現農村黨組織工作邊緣化的危險。
第七，黨內激勵關懷幫扶機制不健全，一定程度上損傷黨在民眾中的威望。過去我們偏重於強調黨員的義務，很少關注黨員的權利。在農村黨組織生活中，黨員的主體地位很難保障，特別是對廣大農民黨員的關愛幫扶不夠，造成那些曾為黨的事業拼搏奮鬥的老黨員、老幹部、老勞模在政治上無地位、經濟上無待遇、生活上無著落，其自豪感、榮譽感喪失；即使是現職村幹部也因工資待遇差、工作手段弱、養老無保障而後顧之憂嚴重，周圍民眾看在眼裡，寒在心底，從而對是否主動申請加入黨組織、積極參與村幹部競選劃了個問號。
第八，農村基層黨建工作責任制落實不到位，嚴重影響黨領導農村的形象。有的鎮黨委沒有按照科學發展觀的要求，正確把握好農村經濟工作與黨建工作的關係，重經濟輕黨建的思想比較嚴重，在推進農村基層黨建工作方面，投入的精力不夠，想的辦法不多。有的對“三會一課”等黨內基本制度落實不到位，對黨員的政治權利保障不到位，對民主集中制堅持不到位，卻採用過去江湖路數、官僚做法，以致於組織號召的事，民眾乃至社會混混已知道，黨員還不知道，黨員對組織活動的理解、參與、擁護程度不斷下滑，使黨的組織化程度不斷削弱。有的講求短期行為，注重治標不重治本，遇到矛盾繞道走，甚至只圖一時“擺平”、“抹平”，喪失原則，對軟弱瘓散村級組織整治不力，或者沒有落實整治的長效辦法，使部分村級組織始終處於落後狀態。