2、領導班子作風不夠民主。主要領導缺乏民主意識，重大問題的決策不注意徵求班子其它成員的意見，天長日久，導致班子成員之間不夠團結，工作上相互溝通不夠，不能形成整體合力。
3、鄉鎮債務負擔沉重，財力匱乏，無錢辦事。在調研中我們發現，大部分鄉鎮都不同程度地欠有外債，多的上千萬，如英艾日克鄉。形成的原因既有歷史問題，又有現實原因。特別是稅費改革後，各鄉鎮各項經費明顯少於費改稅前，只能以少數量的集體土地承包費維持鄉鎮機關辦公經費的不足。對於爭取到的國家和自治區公益性的建設項目則因為沒有配套資金投入，只好負債建設。長此下去，鄉鎮負債勢必越來越重。
4、農民民眾對調整產業結構的重要性理解不夠。由於我縣是一個產棉大縣，農民的大部分收入來源於棉花，對於發展林果業、畜牧業的積極性不高，特別是對林果業種植抱有牴觸情緒，不願意種植，或者白天種、晚上撥的現象時有發生。
5、鄉鎮人員普遍缺編，“4211”機制運轉比較困難。我縣大的鄉有60多個編制，但實際人員只有40多個，缺編較大。除卻領導幹部、駕駛員、財務人員，真正分配到各科室的人員就所剩無幾，每天到基層調研、視察、檢查的工作組不斷，基層每天都處於疲於應付上級單位的檢查中，無xx學、輪休。
6、民眾上訪現象困擾鄉鎮。目前，民眾上訪可以說是經常發生，有理的也上訪，無理的也上訪。由於大部分上訪問題是涉法案件，當地鄉鎮無力解決，而按照信訪案件屬地管理的要求，鄉鎮還要負責將上訪人員接回當地，大的鄉鎮每年的接送費用就達十幾萬，基層工作十分被動。
7、宗教管理工作依然任重道遠。出國朝覲人員一年比一年多，這些人員中有的是經過宗教管理部門依法批准出國朝覲的，而有的是借經商名義通過第三國出國朝覲的。去年我縣出國朝覲人員共有150人，沒有經過批准的就達99人。這些出國朝覲人員中某些宗教狂熱分子回國後，對基層民眾的不法宣傳與煽動一直沒有停止過，婦女的衣飾、打扮、生活方式也在悄悄地發生著變化，非法宗教活動和地下講經點時有發生。
8、宗教場所管理工作還比較艱巨。目前，我縣清真寺建設數量超過村委會辦公室和中國小的總和，全縣共有清真寺367座，而中國小校為112所，村委會121個。農民民眾對改善基層辦公條件態度消極，但對修建和裝修清真寺的熱情卻熱情高漲，主動捐款，清真寺裝修的比村委會辦公室漂亮，兩者之間反差較大。
9、縣直機關派往基層掛職幹部作用發揮不明顯。現在，掛職幹部由於沒有帶薪下鄉，沒有和鄉鎮的幹部同考勤，鄉鎮管理起來難度較大。
10、土地灌溉用水難的問題困擾基層民眾，反映強烈。近幾年，截止調研時，有些村的棉花地還沒有灌上一次水，民眾對此意見較大。
11、提高的三老人員養老費尚未及時兌現。XX年和XX年，自治區人民政府公開承諾每年增加1000萬元，用於提高農村三老人員養老費，但時至今日，這筆資金還沒有到位，仍按我縣原有標準發放。
（二）村級政權建設中存在的問題
1、村幹部對發展村級經濟思路不清，缺乏長遠發展規劃，缺乏積極性和創造性，平時只是應付上面的工作，沒有真正將自己的身心投入到工作中去。例如，沒有認識到協助好相關單位修好鄉村路面、建好防滲渠就是為民眾辦實事，總認為是替別人做事，思想認識不到位。對於鄉鎮拍賣閒置的土地搞小城鎮建設有意見，沒有用發展的眼光看問題。