(三)管理體制不健全。目前，水電開發既有盲目性，又有滯後性。盲目性主要表現在水電開發處於高潮時期，爭先恐後的建設開發，其中亟待解決的問題較多，諸如各項手續、上網問題、現有網路的輸送能力等。滯後性主要體現在管理體制滯後，沒有形成統一的市場平台。
(四)產業自身的限制。小水電產業發展建設成本高，電站規模較小，多數是徑流式電站，導致電量生產有限，生產成本偏高，如與大規模生產的常規能源競價上網，將會受到很大的衝擊。此外，小水電因季節因素導致水資源豐枯矛盾對電力輸出影響大。
(五)補償問題處理難度大。小水電站建設只有妥善處理好涉及到的土地、林地、移民安置等相關問題，才能保證小水電站建設工作的順利開展。但在土地徵用、經濟林木占用補償、移民安置處理難度較大。
(六)缺乏機制的管理權。**區水資源開發利用效率較低，水電開發投資渠道單一，國家先後雖出台了一系列鼓勵建設開發的政策，但這些政策大部分是計畫經濟條件下制定的，在當時對發展小水電站起到了很好的推動作用。隨著社會主義市場經濟體制的建立和電力體制改革的深入，小水電站政策環境發生了很大變化。同時，區級政府對電站的生產、運行、上網、行銷沒有實質的控制權，對電力行業的運作管理機製作用不大。如供電部門實施的“無電工程”，線上路改造中，只改照明電，不改動力電，若要改動力電每戶農戶要交1000元的改造費，線路改造後，收費由電力部門負責，債務由鄉、村負責。
(七)安全生產監管難度大。水電產業開發的相關手續由省、市、區的相關部門審批，開發地的黨委、政府對開發商在開發水電過程中沒有實質的管理許可權，管理難度較大。尤其是安全生產管理工作，按照安全生產工作屬地管理原則，當地黨委、政府對開發商安全生產工作管理中矛盾多、意見大，難以管理。
五、下步工作建議
(一)加大水資源的開發利用，組織人力物力進行小水電站研究開發，做好項目規劃工作，加大招商引資力度，最佳化水電產業發展環境，對可開發的水電資源走市場化運作方式，面向社會公開奪標。
(二)建立健全相應的聯動機制，理順小水電站管理體制，保障安全生產、地質災害、生態環保等方面工作。結合實際情況，建立一整套可再生能源配額制，優惠上網電價，系統效益收費，對消費者進行補貼以及靈活的融資機制等激勵政策。
(三)針對小水電站自身的弱點，加強小水電站新技術的研究和開發，改善技術裝備，促進新技術商業化、市場化運作，提升市場競爭力。
(四)建設水電項目要明確相關部門人員專人負責業務辦理;涉及征占用農民土地問題，採取農民土地入股分紅的方式進行解決。
(五)加強水電項目的監管，從事小水電站建設單位應專業化，無論是施工單位還是監理單位，都因採取公開招投標的方式選擇有資質的單位準入，做到施工質量到位、監理技術到位、生態環保全全意識到位。
(六)督促已批的水電產業項目儘快開工建設。