首先，由於格式契約的本身特點對契約自由原則相對限制，違背了契約自由原則，
1、格式契約排除了相對人選擇與協商的可能性，在事實上形成了對相對人的強制，這就使得締約地位的平等掩蓋了事實的不平等，使當事人處於更加不利的地位，也違背動搖了民法契約法的基本原則，最典型的就是契約自由、平等公平、誠信原則，損害了消費者的正當權益。由於提供格式條款的一方在經濟方面具有絕對的優勢，它可以將條款強加給對方當事人從而使對方失去討價還價的機會，
2、格式條款是由制定方預先提出，相對人無從參與制定或決定契約內容的過程。雖然從表面看，相對人接受了契約條款，但其背後卻是相對人被迫屈服強大壟斷企業及其他組織經濟勢力的事實。正如一個西方經濟分析家形象尖銳的描述：一個普通者與一個公司的交易無疑是一個手無寸鐵者和在一個手持尖刀頂著其喉嚨的強者面前完成交易。
其次，在實踐中某些格式契約不公平不合理規避法律更有甚者出現了“霸王條款”，直接損害相對人的利益，造成利益失衡，引發一系列法律糾紛問題。
“當一個向公眾供應貨物或提供服務的團體，能夠把握住自己起草的契約條款時，的的確確事實是，它可以隨心所欲地、簡單地把關於契約和民事侵權行為的責任法律拋在一邊”。
再者，格式契約往往制定利己而不利於相對人的內容，格式契約具有預先擬訂性和單方決定性，為了追求利益的最大化，他們幾乎很少或完全不考慮相對人的利益，而這往往成為他們壟斷和強制壓迫消費者的工具。
主要有以下幾種方式：
（1）免除己方責任，加重對方責任，不合理分擔風險。
（2）剝奪限制相對方權利，限制其尋求法律救濟。規定不提起起訴由自己指定的仲裁機關仲裁。
（3）賦予自身權利。具體情況可以分為：①、賦予自身任意解除契約的權利。②、賦予代理對方與物權利
從以上分析可以看出，格式契約是一把雙刃劍。其一、格式契約具有其它契約不可比擬的特殊功能。廣泛套用於市場交易的各個領域，其作用是不可代替的，能夠比普通契約更有效地促進經濟、生產的發展。其二、如果立法不能夠對格式契約進行很好的規範，很可能造成泛濫成災、市場交易與經濟秩序混亂，從而摧殘、侵蝕民法、契約體系，淪落成為經濟強者分割經濟弱者的得力工具。
因此，如何在堅持民法與契約法的基本原則下，健全格式契約立法、司法、行政、法律監督等綜合調控，維護契約公平正義，保護廣大消費者利益是我國法制建設所面臨的艱巨任務。
五、我國格式契約現狀
（1）格式契約在我國的發展現狀
在我國格式契約套用十分廣泛，涉及公用事業、出版業、銀行業、保險業、交通運輸業等等。這與我國經濟發展的特點和經濟體制有很大的關係。
建國後，我們建立了高度集中的計畫經濟體制，實現國家對國民經濟的領導和管理，沒收官僚資本，對關係國計民生的行業銀行、公路，郵電，航運進行壟斷經營，私營資本主義工商業國營化之後國有資本經營形成相對規模的行業性壟斷，這就具備了推行格式契約的前提和必要性。在計畫經濟體制下，計畫生產指令其實也是一種格式契約的形式。
再者，改革開放後市場經濟迅速發展，個體私營經濟迅猛起步與擴張，使得商品交易與交換日益繁榮。特別是這些年來，我們鼓勵政企分離兼併中小企業，強強聯合組建集團公司，出現了大量的壟斷經營集團，格式契約的套用範圍被拓寬了，這是格式契約出現的重要條件。