戶籍制度成為經濟發展和社會穩定的障礙
最大的負面影響是削弱了經濟要素的自由流動，阻礙了經濟的可持續發展，不利於形成全國統一的勞動力及人才市場。
其次是阻礙了城市化進程，對農業現代化及農村人口的轉移形成體制性障礙。中國大量的農村人口需要轉移，但事實上進城限制卻沒有從根本上放鬆。
再者是遏制了消費市場的進一步發展。大量城市務工農民，連基本的生存條件及安全感都沒有，身份不明工作不穩，城市需求及消費畸形發展。
此外，現行戶籍制度加劇了城鄉割裂，阻礙了城鄉統籌，加劇了社會分化。與住房、消費 如購車 、教育、社會保障等利益直接掛鈎，不同的戶籍有不同待遇，不僅人為地把本應平等的身份劃分為三六九等，而且加大了貧富差距。
戶口登記條例以法律形式嚴格限制農民進入城市，限制城市間人口流動和在國內的自由遷徙，在城市與農村之間構築了一道高牆，城鄉分離的“二元經濟模式”由此生成，造成了城市和農村的不平等。
對超生或非婚生的子女實施的不準入戶的規定，造成黑戶口(沒有戶口)問題。由於戶口的附加值，使得黑戶口公民在升學、就業、醫療等方面遭遇極大的困難。
一個中國人出生後被要求選擇其父母中的一方的戶籍作為自己的戶籍;在就學、就業等也可以遷移戶口，但是有時地方政府會限制遷移的名額，以及徵收高額城市增容費。
由於各地競爭激烈程度不同，一些學生家長在高考報 名之前將子女戶口遷移至競爭不激烈的地方以求獲得更好的錄取機會。高考移民現象引起很大爭議。
由於戶口和福利待遇、就學和就業機會直接掛鈎，一些公民為了獲得城市戶口甚至僅僅是非農業戶口付出很大代價。
如果某人生活在非本人戶口所在地，那么他將被視為外來人口，享受不到該地的各種福利， 以及充足的就學和就業機會。
很多住在城市郊區或者“城中村”的居民，完全不從事農業，卻仍然是農業戶口;同時也有很多來自農村的居民在城市工作，卻無法獲得非農業戶口。
在辦理婚姻登記手續時，如結婚雙方當事人不能出具各自的戶口本，則民政部門將拒絕給予婚姻登記。
當年未就業的大學畢業生，在戶口遷出學校集體戶口之前，其戶口將處於凍結狀態，無法在民政部門登記結婚，無法辦理護照，無法辦理身份證
戶籍制度改革的主要內容
[1]戶籍制度改革是繼20世紀80年代實行家庭聯產承包責任制後又一次“解放”農民的革命。
戶籍制度改革的內容，是由傳統的城鄉分割的二元戶籍制度，過渡和改革為城鄉統一的一元戶籍制度，打破“農業人口”和“非農業人口”的戶口界限，使公民獲得統一的身份，充分體現公民有居住和遷移的自由權利，剝離、剔除粘附在戶籍關係上的種種社會經濟差別功能，真正做到城鄉居民在發展機會面前地位平等。為此建議：
1.《憲法》上恢復公民遷徙自由的條文，確認不論城鄉居民都具有自由遷徙、擇業和居住的權利。
2.政府應宣布實行全國統一的戶籍制度，實行城鄉戶口登記管理一體化，取消“農業人口”與“非農業人口”的城鄉二元戶籍制度。以具有合法固定的住所、穩定的職業和生活來源為基本落戶條件。同時在過渡時期可實行暫住戶口與常駐戶口，並制定相應的標準。