“兩權”監督工作是一項難度較大的系統工程，是堅持“帶好隊、收好稅、執好法、服好務”，突出抓好領導班子、基層和黨風廉政“三項建設”的保障措施。只有緊密結合本地區本部門的實際，針對容易產生腐敗的關鍵部位和薄弱環節，建好規章制度，創新和規範監管機制，才能使“兩權”監督具有可操作性。
1．不斷建立健全“兩權”監督工作制度。要通過深化征管機構改革，劃清機構、部門、崗位的職能和責任，使稅收執法權和行政管理權不存在盲點、交叉點，為“兩權”監督奠定堅實的基礎。
2．完善制約機制，規範執法行為。
在稅收執法權方面，要重點抓好個體稅收定額的核定、一般納稅人資格認定、稅務稽查、出口退稅等重點部位和環節的分權制約。在稅務稽查環節，要嚴格實行選案、實施、審理和執行四權分離。選案環節，要充分運用納稅評估軟體，人機結合，科學選案，防止漏選、重複選和人情選案、關係選案、報複選案等；檢查環節，要加大對稽查案件的抽查複查比例，嚴格實行稽查小組工作責任制和錯案追究制；審理環節，對審理部門已審結的案件進行抽審，並進行集體審理制度，減少自由裁量權，力求做到不同問題不同處理，相同問題相同處理；執行環節，要加強內部質量考核，對執行情況實行機控與人控相結合的監控機制。在個體稅收定額的核定管理上，實行徵稅的不定稅，定稅的不徵稅，並對已核定的定額定期公示。在一般納稅人資格認定上，要嚴格按照審批許可權逐級上報審批，對申請企業實行實地核查，防止假冒企業產生。
在行政管理權方面，要圍繞“人、財、物”三項管理權，在合理界定各級權力的基礎上，依靠制度實施制衡。一是嚴格民主集中制度，加強對基層“一把手”的管理，對人、財、物等重大事項嚴格集體審議制度，書面記錄審議情況，防止一個人說了算；二是創新競爭機制，強化對人事管理權的監督。在幹部的任免上，實行公開選拔、競爭上崗、任職見習、晉升公開、幹部交流、崗位輪換等制度，消除任人唯親，搞小圈子，跑官要官等腐敗現象。三是建立健全財務管理監督制約機制，嚴格執行收支“兩條線”管理辦法，使事權與財權相分離；四是對大宗物資的採購，按規定程式實行公開招標，公開競價的辦法，擇優選擇，節支增效，對基建工程項目，實行公開招投標和預決算，嚴格執行決算審計和基建財務審計，防止不廉行為的發生。
3．全面貫徹落實責任追究制，確保監督到位
追究能否到位是決定“兩權”監督能否落實到位的關鍵，也是解決監督中存在的失之於寬，失之於軟問題的有效措施。落實責任追究既是對權力實施監督的重點，同時也是一個難點，難就難在它是權力監督全過程中最實際的部分，直接觸動個人和單位的切身利益，是落實“兩權”監督工作中難度最大的環節。因此，只有在抓責任追究的落實上狠下功夫，認真解決落實責任追究中出現的困難和問題，排除落實責任追究中遇到的干擾和阻力，在落實責任追究上取得突破，才能使“兩權”監督得到真正落實。
（四）找準監察重點，抓好違紀違法案件的查處工作
在新形勢下，要注重研究“兩權”的運行規律，以及稅務人員違紀違法的特點，加強與稽查、征管、人事、財務等相關部門以及當地紀檢監察和司法機關的協調配合，對關鍵部門、關鍵環節、關鍵崗位和易發、高發、多發性問題實行重點監控。重點圍繞增值稅一般納稅人認定、個體雙定定額核定、增值稅專用發票的管理使用、稅款徵收、稽查處罰、出口退稅審批等方面進行。要查行政處罰環節，看有沒有濫用職權隨意處罰和以稅謀私等問題；查稅收環節，看是否存在主擅自越權減稅、免稅和混淆入庫級次問題；查納稅定額環節，看有沒有“暗箱操作”、“吃拿卡要”等違紀問題；要注意檢查領導幹部在基建工程、大宗物品採購等方面有無貪污受賄的違法行為以及領導幹部違反政治紀律、組織人事紀律的案件。