近年來，各地政府、行政機關均對行政指導進行了一定探索並越來越多的在行政執法工作中實踐。檢驗檢疫部門也不例外，多年來已在檢驗檢疫監管工作中，包括行政處罰工作中運用到行政指導工作方式，也得到了很多行政相對人和上級政府部門的肯定。然而，作為新興行政管理方式，行政指導工作在取得成果的同時也逐漸暴露出一些問題，其中較為突出問題的是：一些基層執法人員對行政指導與行政處罰融合的正當性存有疑問，認為二者是相互衝突和對立的兩個範疇，從而制約了行政指導在日常監管工作的運用和效能。由於行政處罰貫穿於行政立法、行政執法、行政複議和行政訴訟等各項制度之中，客觀上成了衡量我國行政法制完善程度的重要實踐尺度，也是檢驗檢疫部門考量行政執法成效的重要指標之一。
因此，筆者認為，要實現行政指導工作的日常化、長效化，就不能忽視行政處罰這一檢驗檢疫部門的常用執法手段。同時，在行政處罰的實施過程中引入行政指導手段，實現二者的結合運用，對提高檢驗檢疫執法水平，建設法治質檢有著積極的推動作用。
一、檢驗檢疫行政指導與行政處罰的關係
檢驗檢疫行政指導，是指檢驗檢疫部門在其職能、職責或管轄事務範圍內，為適應監管和服務的需要，適時靈活地採取符合法律精神、原則的指導、勸告、建議等不具有國家強制力的方法，以謀求行政相對人同意，有效地實現一定行政目的之行為。
檢驗檢疫行政處罰，是檢驗檢疫部門為達到對違法者予以懲戒，促使其以後不再犯，維護檢驗檢疫秩序，依法對行政相對人違反檢驗檢疫法律法規但尚未構成犯罪的行為，給予一定形式的法律制裁的行政行為。
檢驗檢疫行政指導與行政處罰屬於不一樣的行政法學範疇，存在著諸多的區別和聯繫。
（一）兩者的區別主要表現在以下五個方面：
1.實施依據不同。行政處罰，其適用的首要內涵即要求處罰的依據法定，即實施行政處罰必須有法律、法規和規章的明文規定，具體到檢驗檢疫部門主要是“四法五條例”。檢驗檢疫行政指導行為的依據可分為規範性依據和非規範性依據。其中，規範性依據是指具有行政指導行為內容的明確的法律規範和政策規定。如《中華人民共和國進出口商品檢驗法》第13條規定：“本法規定必須經商檢機構檢驗的進口商品以外的進口商品的收貨人，發現進口商品質量不合格或者殘損短缺，需要由商檢機構出證索賠的，應當向商檢機構申請檢驗出證。”；《中華人民共和國食品安全法》第9條規定：“國家鼓勵和支持開展與食品有關的基礎研究和套用研究，鼓勵和支持食品生產經營者為提高食品安全水平採用先進技術和先進管理規範。”非規範性依據是指不具有行政指導行為內容的法律原則、客觀情況和行政相對人的需求等，如某檢驗檢疫部門根據企業需求上門指導實驗室建設。
2.適用範圍不同。相較而言，檢驗檢疫行政指導適用範圍較寬。從對象上看，行政指導的對象包括與檢驗檢疫職能範圍相對應的所有行政相對人，而行政處罰僅指向違反檢驗檢疫法律法規應當受到制裁的行政相對人；從內容上看，行政指導的事項十分廣泛，基本上涵蓋了檢驗檢疫職能範圍內的所有事項，在違法行為發生前、發生後及處置後均可以有所作為，而行政處罰則僅限定在違法行為發生後懲治和糾錯方面。