（二）違法行為發生後。
1.不予處罰。《行政處罰法》第二十七條第二款規定：“違法行為輕微並及時糾正，沒有造成危害後果的，不予行政處罰。”檢驗檢疫部門對已經立案的輕微違法行為，在沒有造成危害後果，並且通過行政指導能達到糾正違法行為，同時能夠預防再次發生的情況下，適當作出免予行政處罰的決定。這樣在能達到相同行政管理目標的同時，還更有利於緩和矛盾，促進和諧。
2.說理式辦案。在行政處罰過程中，對當事人說清事理、說透法理、說通情理，以提高當事人對檢驗檢疫法律法規的認知，爭取當事人的配合，增進案件的透明度，促進案件的順利辦結。這可以說是在實施行政處罰過程中以行政指導確保個案公正性的有效途徑，能夠有效避免因執法不公而造成行政執法權威的落空。
（三）違法行為處置後。
行政處罰回訪。在違法行為遭受處罰後，檢驗檢疫部門可結合日常監管等工作，對受過處罰的相對人進行主動回訪，了解其對案件處罰是否有想法、有疑義，並可以藉機觀察其事後整改情況，解答行政相對人的疑問，可杜絕以往“只罰不糾”情形，避免反覆發生類似違法行為。