3.實施方式不同。檢驗檢疫行政指導的行為方式較為靈活多樣，只要是符合法律精神、原則的方式都可以採用，包括提示、警示、勸告、勸誡、獎勵、建議等，如現在很多檢驗檢疫部門採用的質量分析、行政建議、行政處罰回訪、代理單位座談、許可企業證書到期預警等等；行政處罰為依法設定，《行政處罰法》明確規定有七類，檢驗檢疫涉及到的主要有：警告、罰款、沒收違法所得、暫扣或吊銷許可證等。
4.實施程式不同。目前檢驗檢疫部門對於行政指導沒有嚴格的程式規定，存在較大的靈活性，執法人員可以因時、因地、因人、因事靈活運用。行政處罰程式則十分嚴格，主要有《中華人民共和國行政處罰法》、《出入境檢驗檢疫行政處罰程式規定》等，嚴格的行政處罰程式既將檢驗檢疫部門官僚武斷和伸手過長的危險減少到最低限度，又保證其能夠靈活有效地進行管理。
5.實施保障不同。檢驗檢疫行政指導要求相對人協助具有任意性，不以強制力為保障，雖然有時行政指導行為中指明行政相對人如不接受行政指導行為，可能會產生某種具體的法律後果，但這僅是當事人未履行法定義務的結果，並非表明該行政指導行為具有強制效力。如某檢驗檢疫部門向轄區內某商品註冊登記企業發出警示：“該企業的出口產品質量許可證將於三個月後到期，需及時準備換證複查材料並提前申請。”該企業未按照此行政指導的要求申請換證複查而導致許可證失效，此結果並非行政指導行為的強制效力。檢驗檢疫行政處罰則是以國家強制力為保障的制裁行為。根據《中華人民共和國行政處罰法 》第51條規定：當事人逾期不履行行政處罰決定的，做出行政處罰決定的行政機關可以加處罰款、將查封、扣押的財務拍賣或者將凍結的存款劃撥抵繳罰款、申請法院強制執行。
（二）兩者之間的聯繫主要有以下四個方面：
雖然行政指導與行政處罰之間存在著如上諸多的差異，而深入分析兩者的價值取向和實踐意義可以得出，二者在價值層面和執法實踐中均有著千絲萬縷的關聯。
1.行政指導與行政處罰本身具有關聯性。《行政處罰法》第五條規定：實施行政處罰，糾正違法行為，應當堅持處罰與教育相結合，教育公民、法人或者其他組織自覺守法。這表明處罰與教育相結合是法定原則。事實上，對違法行為的懲戒本身就是一種警示教育，要做到標本兼治、達到行政處罰目的，必須使當事人不僅知道這樣做不行，還要知道為什麼不行。要達至這一目標，我們在實施行政處罰過程中必須加強解釋、說理、答疑等基礎工作，近來江蘇檢驗檢疫系統正在全面推行的行政處罰“說理式辦案”即屬於此，而這恰是行政指導在行政處罰實施過程中的具體體現。所以說，行政指導和行政處罰本身具有高度的關聯性。
2.兩者在實現檢驗檢疫行政管理目標上具有統一性。行政管理的最終目的在於維護公共利益和社會秩序，保障全體人民的合法利益。檢驗檢疫行政處罰的目標並非實施處罰，而是糾正違法行為、預防再次發生，維持良好的檢驗檢疫秩序。檢驗檢疫行政指導則是以勸告、建議等非強制性方式，向相對人施加作用和影響，促使其為或不為一定行為，以達到維護良好檢驗檢疫秩序的目的。由此可見，兩者在實現檢驗檢疫行政管理目標上有著相類似的價值取向。