根據《企業會計制度》的要求，企業在新技術、新產品的研發過程中發生的材料費用、人工費用等應直接計入當期損益，已計入各期費用的研究與開發費，在該項技術或產品研發成功並依法申請取得權利時，不得再將原已計入費用的研究與開發費資本化。換言之，企業自行開發並按法律程式取得的無形資產，僅將依法取得時發生的註冊費、聘請律師等費用作為無形資產的入賬金額。
在實際的工作中，從研發的調研、立項一直到取得專利，其中技術註冊費、聘請律師（大多企業都有常年法律顧問，所以很少單獨有這項費用）等費用只占很小的比例，因此，企業自行取得的無形資產的資本化金額一般都很小。這種情況造成很多企業經常對只有區區一兩千元的專利申請費用不予資本化。另外，由於沒有申請專利的許多非專利技術還沒有可資本化的金額，這樣就形成了企業賬面沒有反映而實際擁有權利並可以處置的無形資產，那么如果企業用一項賬面沒有反映的專利技術或非專利技術投資作價入股，該如何進行賬務處理？這個問題在現行《企業會計制度》中沒有詳盡的規定。
根據《企業會計制度》的規定，投資者投入的無形資產，應以投資各方確認的價值作為入賬價值，但企業為首次發行股票而接受投資者投入的無形資產，應以該無形資產在投資方的賬面價值作為入賬價值。但是，這項無形資產的價值到底怎樣確認？投資各方確認這項無形資產價值的依據是什麼？如果接受投資的企業以該無形資產在投資方的賬面價值作為入賬價值的依據，那么投資方的賬面價值怎樣確定？這些都是投資者在以無形資產投資時需要考慮的問題。
在實際工作中，企業的設立登記是需要驗資的，各方確認無形資產價值的協定不能作為驗資的憑據，所以賬面沒有反映的專利技術或非專利技術投資作價入股必須有該項無形資產的價值評估報告作為企業驗資註冊的依據。因此，企業以自行取得而賬面沒有反映的無形資產投資時，必須先進行資產評估。這樣，投資企業就可以根據評估報告作賬務處理。以評估值借記“無形資產”科目，將評估值乘以該企業適用的所得稅稅率後所得數額貸記“遞延稅款”科目，並將評估值減遞延稅款後的餘額貸記“資本公積——其他資本公積”科目。這種處理方式不違背現行《企業會計制度》的思想，也符合國家、投資方的利益，並有一定的法律依據，主要可從以下三個方面來看：
首先，用作投資的無形資產在取得時的全部成本已計入發生時當期的損益，並已抵減了當期的企業應納稅所得額。因此，現在用經過評估的無形資產出資增加了企業的長期資產，形成了一項未來的長期權益，理應將其評估值按照企業適用的所得稅率計算所得稅，記入“遞延稅款”科目，待以後轉讓或收回投資須計算繳納應納稅所得額時再從“遞延稅款”科目轉出。國家稅務總局發布的《關於企業資產評估增值有關所得稅處理問題的通知》（財稅字［1997］77號）中第二條規定：納稅人以非現金的實物資產和無形資產對外投資，發生的資產評估淨增值不計入應納稅所得額；但在中途或到期轉讓、收回該項資產時，應將轉讓或收回該項投資所取得的收入與該實物資產和無形資產投出時原賬面價值的差額計入應納稅所得額，依法繳納企業所得稅。因此，以無形資產投資時，根據其評估值計提的所得稅額計入“遞延稅款”科目，符合國家法律的規定，維護了國家利益，也兼顧了企業的利益。
其次，企業的評估增值在經過政府相關部門確認備案後，企業可以據以調整資產的賬面價值，差額部分計入“資本公積”。財政部發布的《關於企業資產評估等有關會計處理的通知》（財會字［1997］72號）中第二條第（一）款規定：企業以除固定資產以外的非現金的實物資產和無形資產對外投資，如評估確認的價值大於投出資產賬面價值的，按照評估確認的價值和應繳納的增值稅等流轉稅，借記“長期投資”科目，按照投出的實物資產和無形資產的賬面價值和應繳納的稅金，貸記“無形資產”、“原材料”、“應交稅金”等科目，並按照評估確認的資產價值大於投出資產賬面價值的差額，貸記“資本公積”科目。
第三，以無形資產投資除了企業所得稅外，不存在其他稅收問題，不再需要作其他會計處理。財政部、國稅總局發布的《關於股權轉讓有關營業稅問題的通知》（財、稅［2002］191號）中第一條規定：以無形資產、不動產投資入股，參與接受投資方利潤分配，共同承擔投資風險的行為，不徵收營業稅。