目前，全國有60%的省市推行了會計集中核算制。會計集中核算制是將政府預算外和制度外收支納入預算的統一管理，是建立公共財政制度的重要前提。北京市已開始在高校中試行這一制度。
一、會計集中核算對高校內部審計的影響
高校作為面向社會、自主辦學的法人組織越來越多地受到了來自國家的“經濟槓桿”的管理。抓管理、講效益，建立與完善自我約束機制已成為高校辦學的方向，高校內審作為促進高校完善經濟管理的職能部門，通過對學校經濟活動的全過程、多方位的審計監督，為學校的高效管理，發揮著越來越大的作用。
會計集中核算調整了審計目標，轉變了審計內容。過去內審工作的中心是圍繞“真實性、合法性”，實行“打假治亂”的審計戰略，將“查錯糾弊”作為內審工作的重點。會計集中核算制強化了會計監督，提高了會計信息質量，使會計資料的真實性問題得到了根本性的好轉。此時，內審工作的重點應是評價財政資金的使用效益的績效審計。
二、新環境下高校內部審計工作的新思考
依現有的相關法律和政策，高等學校在國家財政撥款體系中屬於二級財政撥款單位，即國家或地方政府在年度預算中列有“文教科衛事業費”的“類別”，其中的“教育經費”由財政部門劃撥到教育行政主管部門，使用權歸高等學校，其審計監督權由教育行政部門內審機構實施。所以，就各高校內審而言，其“教育經費”的審計監督權應在教育行政部門的授權下和指導下實施。但是，高校內審機構還是有其可以積極主動開展工作的廣闊空間的。
1、建立與健全學校內審工作制度。建立財務收支定期審計制度，制定出對學校財務收支狀況一年審計一次或兩年審計一次的制度規定。在當前大多數高校內審人力不足的情況下，可以藉助社會中介力量，使這一制度得以貫徹。
建立預算和預算執行情況審計制度。會計集中核算制，對學校的預算編制、預算管理的水平提出了更高的要求。作為內部監督機構，審計部門應積極應對，制定出相應的制度，做好預算和預算執行情況審計工作。通過對學校預算編制，大額預算追加的合法性、合理性、科學性的審核與監督，提出建議。在預算執行情況審計制度的安排中，應將促進學校預算管理、計畫管理和財務管理的規範化、科學化作為預算執行情況審計工作的主要目標；把分析預算與計畫的編制、執行情況，促進各二級學院以及學校改進預算與計畫的編制、執行工作作為預算執行情況審計的工作主線；把財務收支審計與管理審計結合起來，作為審計工作的方法。
對專項資金、專項基金等重點資金的使用建立審計制度。高等學校的特點決定了學校以教學活動為主，涉及經營性活動比較有限，很難評價組織的經營績效。因此，高校的內審一般不以績效審計作為審計工作的重點。近幾年來，隨著財政制度的改革，各高校的專項經費等資金逐年增加。專項資金除具有國家撥款、專款專用的一般特點外，還具有需要考察其使用效果的特性。為此，本著圍繞中心、突出重點的審計原則，對於高校的專項資金等重點資金應建立嚴格的內部審計制度，對資金的使用情況進行全面的監督和評價，特別是注重對專項資金的使用效果的績效審計的研究與探索，保證財政資金使用的安全性，提高資金使用的效益性。
2、準確定位和研究工作方法。工作重心轉移。在實行會計集中核算制以後，將有以下6個方面的新動向：（1）在實行會計集中核算制之初，存在隱瞞轉移收入，公款私存，突擊發錢，或將一部分預算外收入不納入集中核算等問題；（2）“賬外資金”將更加隱蔽和突出；（3）支出項目改頭換面，以合法的票據掩蓋不合法的支出現象可能更嚴重；（4）利用留存的一些二級賬戶，違規列收列支；（5）利用行政職權轉移支出將更多；（6）與會計集中核算中心的人員串通作弊，共同違規。針對以上情況，審計工作應向此方向傾斜。
準確定位。審計署剛剛頒布的內部審計工作規定已明確指出：“內部審計是獨立監督和評價本單位及所屬單位財政收支、財務收支、經濟活動的真實、合法和效益的行為，以促進加強經濟管理和實現經濟目標。”由此可見，內部審計的職能已從傳統的財務收支審計向管理審計轉變。
防範風險。實行會計集中核算以後，客觀上給審計工作帶來一些困難，審計風險也隨之加大，因此，探討如何防範審計風險是需要解決的問題。
探索工作方法。目前，傳統的內審工作方法仍是工作的主要方法，但是隨著管理審計、績效審計的逐漸開展，以及信息化在市場領域的運用，這些都必然帶來內審工作方法的改變。比如大量運用經濟活動分析、技術經濟論證、數量分析、巨觀經濟效益審計等科學技術方法實施內審工作，提高審計質量。李金華審計長多次強調，當前審計報告的質量不高是造成審計成果利用不充分的重要原因，是制約審計監督作用充分發揮的關鍵因素。從實際工作來看，審計人員的職業特點決定了審計人員看問題的角度往往從負面的方向入手，看問題多看發展少，看過去多看未來少。工作中重微觀，輕巨觀；重處罰，輕規範；重事實，輕分析。出現這種現象的原因是多方面的，其中兩方面的因素是產生這些現象的關鍵：第一，內審人員長期的審計工作形成的思維方式和工作方法的局限性。第二，內審人員常常將內審工作範圍限制在具體財政收支的狹小空間上，而沒有把內審工作的重點放在經濟權利的監督與制約上，對促進單位巨觀經濟管理水平的提高關注度不夠。雖然，近20年的審計發展中所積累的經驗形成了內審工作應當遵循的規則，但工作中的某種定式也禁錮了審計人員的思維，影響了內審人員對形勢發展的判斷和對新事物的積極態度，妨礙了內審事業向更高的境界發展。會計集中核算制度的建立，創建了新的財政管理體制，作為高校內審機構不應排斥它，相反應以此為契機重新樹立內審的理念，重新認識內審目標，重新審視和改進審計工作方法。