1、遵循“全面審計，突出重點”的原則，是制定年度審計計畫的指導思想。突出重點一是要圍繞本單位生產經營目標和重點，積極開展績效審計、管理審計；二是要圍繞領導關心的重點、難點問題和職工關注的熱點問題進行審計；三是要圍繞加強幹部管理，促進廉政建設，搞好經濟責任審計。凡是有利於促進企業深化改革，有利於企業生產經營中心工作的開展，有利於內部控制制度的不斷完善，有利於企業管理水平不斷提高的審計項目，都應列入年度審計計畫。
2、深入現場調查了解，是制定年度審計計畫的關鍵環節。在制定年度審計計畫前，審計人員要深入現場調查，了解產品過程中的材料領用、生產組織、成本費用歸集和分配、在產品及完工產品情況；對工程項目要了解工程概況、施工組織設計、施工進度以及竣工時間等等。在調查了解的基礎上，要結合審計力量的多少和被審計單位的具體情況統籌兼顧，使審計項目完成時間有一定均衡性。經過調查了解，對將要列入年度審計計畫的項目有了一定的認識，對審計的重要性和風險性能作出一定的估計，只有這樣制定的審計計畫才能翔實、全面、有效。
3、審計方式運用靈活多樣，是制定年度審計計畫的重要前提。為了提高內部審計工作的質量和效果，在審計方式運用上必須靈活多樣，可根據不同的審計對象和企業領導的不同要求，選擇是就地審計，還是送達審計；對列入上級審計部門年度計畫的審計項目，可以根據企業的實際需要，在一定範圍內實行異地交叉審計。而在審計資源一定的條件下，審計調查方式顯得越來越重要，在制定年度審計計畫時，要充分利用審計調查。
4、合理配置審計資源，是制定年度審計計畫的根本保證。為最佳化審計資源配置，對審計人員可以動態分工、最佳化組合，對審計項目可以打破行業界限，在不同部門之間進行調節。如可在制定年度審計計畫時，對有工程項目審計的，可計畫安排借用工程技術方面的專業人員參與審計；對有產品項目審計的，可計畫安排借用產品製造方面的工程師參與審計，這樣既可以調劑餘缺，解決審計人員知識單一，結構不合理等問題，又可以提高審計質量，縮短審計時間。除審計人員合理配置外，裝備的配置也很重要，因此，審計部門配置筆記本電腦是非常必要的，這樣可以減輕現場審計人員手工計算的工作量，降低誤差機率，又可以節約審計時間，彌補審計人員不足的矛盾。